Il Museo di Storia Naturale fu istituito nel 1766 da J.B. Fourcault, ornitologo presso la corte dei Borbone-Parma, e venne in seguito diretto da illustri zoologi quali Pellegrino Strobel e Angelo Andres.
È costituito da settori espositivi principalmente di zoologia, ma sono presenti anche collezioni etnografiche. Fra di esse spiccano la prestigiosa collezione di fauna eritrea Bottego, quelle zoologiche Andres e Del Prato, nonché le raccolte etnografiche Piola e Ferrante. Sono pure conservate le collezioni scientifiche di illustri naturalisti che hanno operato a Parma nel secolo scorso. Nei laboratori del museo si svolge attività didattica e di ricerca universitaria nell'ambito della zoologia ambientale e dell'etologia.
Il Museo è suddiviso in due sedi distinte, poste in Via dell'Università 12, nel palazzo universitario, e in Via Farini 90, presso l'Orto Botanico. Nella prima sede si possono ammirare collezioni africane, di Bottego e di Piola, come pure quella internazionale di Andres, mentre nella seconda reperti del parmense, con fauna attuale e fossile, e collezioni di invertebrati di varie provenienze.
Per le scolaresche e gruppi sono disponibili su richiesta visite guidate alle collezioni.