La chiesa dei Santi Giovanni e Reparata si trova in Piazza San Giovanni nella parte romanica del centro storico di Lucca. Vanta uno stretto rapporto con il Duomo di San Martino, in quanto risulta come la prima sede dei vescovi della diocesi e detentrice del diritto al fonte battesimale. Diventata nell'Ottocento, sotto il governo napoleonico, custode degli archivi dell'antica Repubblica, nel 1828 la chiesa fu nuovamente consacrata al culto. 

Importante considerare che il complesso religioso, costituito dal Battistero e dalla Chiesa, si sviluppa su una considerevole area archeologica aperta al pubblico nel 1992. Una rilevante campagna di scavi ha riportato alla luce l'impianto primitivo della Basilica del V secolo e dell'adiacente Battistero paleocristiano. 

In corrispondenza della basilica romanica, sono stati rinvenuti resti della prima Cattedrale di Lucca, consacrata a Santa Reparata. Sotto il Battistero invece, gli scavi hanno invece recuperato la stratificazione su cinque livelli corrispondenti ai diversi secoli della storia di Lucca, dalla fondazione del "municipium" romano del I° secolo a.C. fino al tardo impero quando l'area divenne sede della Cattedrale. 

Da questo si evidenziano le successive riedificazioni alto-medievali fino all'attuale aspetto di chiesa romanica. Tra i reperti più antichi recuperati risultano di interesse: un frammento della pavimentazione della domus romana del I secolo a.C., resti di terme del I-II secolo d.C., sepolture di epoca longobarda e alcune testimonianze del Battistero alto-medievale e della cripta carolingia.