La chiesa dei Santi Giovanni e Agostino è una chiesa cattolica che si trova nel quartiere del Torretto, centro storico della città della Spezia.

Verso la fine del XIV secolo si diffusero in Liguria le Compagnie o Confraternite dei Disciplinanti. Nei primi del XVI secolo c'erano, infatti, sulla collina del Poggio un convento e la chiesa di Sant'Agostino, che risultavano essere stati costruiti da un gruppo di religiosi provenienti da Vezzano Alto. La chiesa rimase aperta al pubblico sino al 1797, poi viene presa dal Comune ad uso di scuole, sinché se ne impossessò il generale francese Miolis per acquartierarvi le truppe durante l'occupazione della città.
La Confraternita Mortis et Orationis era legata all'oratorio dedicato a san Giovanni Battista decollato. Edificio all'inizio assai modesto che progressivamente fu arricchito della cupola seicentesca, dell'altare in marmo (1727). 
A questa data, più o meno, la chiesa assunse una struttura assai simile a quella odierna. Una lapide in latino ricorda la costruzione del nuovo altare.

A conferma di quanto detto all'inizio, intorno all'oratorio si sviluppò un quartiere importante, detto della Cittadella, e nelle poche piazze rimaste sorsero i palazzi delle famiglie nobili spezzine Biassa, De Nobili, Da Passano ed altre.
Tornando all'oratorio, si ha notizia da una lapide di marmo murata sulla porta laterale, della concessione in perpetuo da papa Pio VI dell'indulgenza plenaria per coloro che avessero visitato l'oratorio (1º marzo 1781).

Con l'occupazione dei Francesi, come già accennato, l'oratorio fu requisito nuovamente per farne un deposito di munizioni.

Nel 1799, ritiratisi i francesi da Spezia, l'oratorio riprese le sue funzioni per breve tempo, sino alla battaglia di Marengo (1800), quando fu nuovamente requisito. Cessato il regime napoleonico nel 1816 una lapide murata nella chiesa ricorda la nuova apertura al culto.

L'anno 1886 l'Oratorio venne eretto a parrocchia dal vescovo Giacinto Rossi e al nome di San Giovanni Battista si aggiunge quello di Sant'Agostino a ricordo della vicina chiesa degli Agostiniani chiusa nel 1779.

La seconda guerra mondiale rase al suolo praticamente quasi tutta la città, ma la chiesa dei Santi Giovanni e Agostino rimase indenne.

Da un punto di vista architettonico la chiesa ha una struttura semplice, con una facciata a capanna caratterizzata da un portale sopra il quale è stata sistemata una modesta statua della Madonna di Lourdes.

La navata misura 40x7,50 m ed è alta 14 m. L'abside è semicircolare, con una cupola coperta di ardesia a spina di pesce terminata da una lanterna.


Tra le opere significative: una pala della Madonna e santi cinquecentesca di Bernardino Lanino, di cui esiste una versione anche alla National Gallery di Londra, un dipinto raffigurante la Madonna del Suffragio attribuito a Domenico Fiasella, due grandi crocifissi del '700, un organo, originariamente dei fratelli Serassi del 1823 ripetutamente riparato, un fonte battesimale a forma di conchiglia del 1500.