La chiesa di San Donato è un vero e proprio gioiello romanico, grazie anche al restauro ottocentesco di Alfredo De Andrade che oltre ad apportare alcune modifiche fece rimuovere gli intonaci successivi al XVI secolo. Bellissimo il campanile – o più esattamente la torre nolare – ottagonale, ben visibile dallo Stradone di Sant'Agostino, come altrettanto lo sono le colonne delle navate, alcune con capitelli di origine romana e diverse a seconda della fase di ampliamento o modifica dell’edificio. Da notare il trittico dell'Adorazione dei Magi opera del fiammingo Joos van Cleve del 1515, e la Sacra Famiglia del Piola della seconda metà del ‘600. La pianta della chiesa è a basilica, secondo la tradizione genovese, e al suo interno anticamente erano conservati, fissati sull’architrave, quattro anelli appartenenti alle navi pisane catturate durante la battaglia della Meloria nel 1284. L’interno è visitabile durante il giorno ma la chiesa ha il suo fascino anche di sera e di notte: un po’ per via della movida che riempie di giovani le strade intorno, e un po’ per via dello “spettro di San Donato”, al secolo Stefano Raggi, un nobile del XVII secolo che abitava accanto alla chiesa e che fu condannato a morte per vari reati; pare che in certe sere d’autunno appaia nella chiesa appoggiato a una colonna con aria assorta e vestito di un abito di raso color rosso vivo.