L’église de S. Bernardo a été construite dans les années 1400 sur le site de l’ancien hôpital Osnello (du nom du fondateur), mentionné pour la première fois en 1189. Construit dans l’une des plus anciennes rues de cette partie de Pise, il était destiné à abriter pèlerins et voyageurs. Cette rue, aujourd'hui via Pietro Gori, s'appelait autrefois Carraia Minucioli, puis Carraia Gonnelle.
Un ancien bâtiment médiéval, détruit au milieu des années 1200, a été reconstruit en 1401 et rejoint le couvent cistercien de S. Bernardo; En 1444, les religieuses ont entièrement reconstruit l'ensemble du complexe religieux, mais celui-ci a également subi de nombreuses rénovations et de nombreuses adaptations. En 1616, le bâtiment et son plancher interne ont été surélevés et, vers le milieu des années 1700, l'église a été redéfinie avec l'apparence actuelle. L'église a appartenu à des religieuses cisterciennes jusqu'au début du 19ème siècle, lorsque, après la suppression des monastères, elles s'installèrent dans l'église de S. Silvestro.
Les arches et les fenêtres encastrées dans le mur extérieur gauche datent probablement du 15ème siècle. D'autres bâtiments avec des arcs en briques appartenant à l'hôpital de la fin du Moyen-Âge peuvent être choisis dans via S. Bernardo et vicolo Scaramucci.
À l'intérieur, on peut encore voir les restes de décorations baroques du bâtiment, avec des moulures en plâtre doré d'Antonio Ferri et des fresques sur le plafond voûté avec Histoires de la vie de saint Bernard de Tommaso Tommasi. Sur les murs, dans des stucs élaborés, deux fresques de G. Battista Tempesti peintes au milieu du XVIIIe siècle.
Aujourd'hui, l'église est déconsacrée. Maintenant appelé «Cantiere S. Bernardo», il est utilisé par un groupe de jeunes artistes pour leurs activités.