L'existence des grottes de Montenero se perd dans la nuit des temps ... Il semble qu'elles fussent déjà un refuge pour les brigands en 1345, lors de l'apparition de la Vierge de Montenero.

Depuis lors, il y a une rue appelée "Via delle grotte" ou "La grotta" près du sanctuaire. Nous commençons à parler plus précisément et en profondeur des grottes vers 1920, lorsqu'une entreprise d'extraction pour la transformation de la marne obtient la concession pour l'extraction de la pierre. Durant cette période, de nombreuses grottes sont fermées, d'autres prolongées, d'autres encore ouvertes à partir de zéro.

Pendant la Seconde Guerre mondiale, les grottes ont été utilisées comme abri anti-bombes. Les vastes travaux de réhabilitation, de consolidation et d'aménagement de la colline sacrée remontent à 1971; c'est au cours de ces travaux que des grottes ont été découvertes et que l'on ne pensait plus les trouver.

Au cours de ces travaux, il a été possible de détecter la présence d'eau jaillie de la pierre vivante et les analyses appropriées ont été déclarées potables et présentent de bonnes caractéristiques oligominérales.