Le 7 juin 1981, l'archevêque de Bari, Mons. Mariano Magrassi a érigé le musée diocésain à Bari. L'intention a été inspirée par les lois du Concile œcuménique Vatican II, afin d'éviter que "les meubles et œuvres sacrés qui sont des ornements précieux de la maison de Dieu soient vendus ou dispersés". Initialement, il servait d'espace de stockage pour les œuvres d'art et le mobilier sacré d'églises en état d'abandon de l'ancienne ville de Bari et de tout le diocèse. Le musée a été officiellement inauguré le 16 juin 1983. Le 12 septembre 1996, la première exposition de la salle du Trésor, de la salle Exultet et de la galerie d'art a été créée. Le 11 septembre 1998, l'établissement du lapidaire de la salle des bénédictions Exultet II et III et de la salle des vêtements de l'église a été inauguré sur le deuxième terrain. Après le déplacement des bureaux de la Curie par l'archevêque Francis Cacucci, la partie restante du premier étage a été conçue comme un musée.