Caminando a través de Donatello, llegamos a la entrada del Jardín Botánico. Fundada en 1545 a petición de la facultad de medicina de la Universidad de Padua, es el jardín botánico universitario más antiguo del mundo que conserva su ubicación original. Establecido para el estudio de "Semplici" (plantas medicinales), el Jardín ha visto la evolución de la botánica desde una ciencia aplicada a la medicina hasta sus diferentes ramas actuales. Una intensa actividad educativa y promocional todavía se lleva a cabo dentro de ella, así como diversas actividades de investigación, y algunas especies raras y en peligro de extinción se conservan en ella. En el jardín se cultivan unas 6.000 plantas, incluidas plantas exóticas, medicinales, venenosas y que se alimentan de gusanos. También vale la pena visitar la Biblioteca contigua: contiene algunas hierbas históricas, volúmenes científicos y preciosos libros ilustrados, muchos de los cuales son artículos únicos.
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