Cuando llegaron a Padua, varios años antes de 1290, los hermanos carmelitas establecieron su asiento al norte de la ciudad, fuera de la Puerta de Molino. Esta área estaba ocupada por un borgo mixto y animado llamado 'Coa Longa' (hueco largo): un tramo largo y sinuoso de casas de madera esparcidas entre huertos y granjas. Aquí había artesanos, comerciantes, posaderos y hosters, pero también los asientos de familias nobles y las residencias de una clase burguesa animada. Una de las fuentes de riqueza fueron los molinos, como se ve en el mármol con incrustaciones del frontal del altar de la iglesia, que fue encargado por el gremio de los molineros en dedicación a la Virgen y sus santos patrones, Rocco y Sebastián. La construcción de la iglesia comenzó en 1309 y terminó a fines de la signoria de Carraresi. La iglesia original era una sola nave con techo de madera con bóveda de quilla, pórtico externo y seis capillas. La iglesia actual conserva el diseño de una sola nave, sin embargo, una fuerte nevada y un terremoto, el 25 de enero de 1491, causó el colapso del techo y partes de las paredes. La reconstrucción fue confiada a Lorenzo da Bologna y Pietro Antonio degli Abati, quienes retuvieron lo que quedaba y lo insertaron en un proyecto inspirado en el Renacimiento. Parece que es posible distinguir la nueva cúpula de Lorenzo en el cuadro de Giorgione, La tormenta. Los componentes del siglo XIV incluyen la cappella maggiore, con su ábside pentagonal, pilastras unidas y ventanas de lanceta única. El ábside, el área del coro y la fachada también se conservaron, al igual que la imponente masa perimetral, originalmente de origen románico lombardo, con pilastras y arcos falsos, a una altura que sugiere que los muros de la iglesia alguna vez fueron más bajos. El claustro carmelita y la casa capitular frente a la iglesia, decorada con un elegante portal y ventanas dobles que flanquean, también se conservan en su forma original.