Fue construido en 1866, y solo tenía una línea de ferrocarril hacia Taormina, mientras que en 1889 se abrió una nueva línea de ferrocarril a San Filippo del Mela. Messina, por su posición geográfica, era un lugar estratégico para llegar al resto de Sicilia y para partir hacia el continente.

Su reconstrucción después del terremoto de 1908 comenzó en 1939 bajo el impulso del entonces jefe del Gobierno, Benito Mussolini, quien, durante su visita, dio el primer golpe de un pico para derribar las antiguas ruinas. El edificio fue diseñado por el arquitecto Mazzoni, y tiene un estilo racionalista con habitaciones grandes y una estructura simple, lineal e imponente.

Al lado del edificio se encuentra la Estación Marítima, un cruce de ferries, que embarcan los trenes que salen y se dirigen hacia el continente. En el interior, hay un mosaico hecho por M. Cascella, inspirado en el discurso de Mussolini en Palermo, donde declaró "Sicilia como el centro del imperio". Representa la historia de Sicilia, desde la entrada de los normandos durante Las vísperas sicilianas, al Valle dei Templi de Agrigento y Arquímedes.