Der erste Kern der vatikanischen Museen und Galerien war eine Sammlung antiker Skulpturen, die von Jules dem Zweiten (1503-13) geschaffen wurden. Die Idee des Museums stammt von Clemens dem Dreizehnten (1758-69), der mit Unterstützung von Winckelmann das Profane Museum gründete. Das Clementine Pious Museum wurde von Clement the Fourteenth (1769-74) und Pious the Sixth (1775-99) gegründet und das Chiaramonti-Museum wurde 1807-1810 von Canova unter Pious the Seventh gegründet. 1822 wurde der Neue Flügel eröffnet. Das etruskische Gregorianische Museum wurde 1837 eröffnet, das Gregorianische Ägyptische Museum 1839, das Profane Lateran Museum (heute das Gregorianische Profane Museum) 1844 und nacheinander das Pious Christian Museum, alle unter Gregor dem Sechzehnten. In den ersten Jahrzehnten des zwanzigsten Jahrhunderts wurde das Ethnologische Missionsmuseum eingerichtet und die Bildergalerie für die Öffentlichkeit zugänglich gemacht. Im Jahr 1973 eröffnet Paul der Sechste das Historische Museum und die Sammlung moderner religiöser Kunst.

Clementine Pious Museum - Es sammelt Exemplare antiker Skulpturen wie den Apollo von Belvedere (130-140 n. Chr.), die Laocoon-Gruppe (1. Jahrhundert n. Chr.), den Apollo Sauroktonos und den Venus Cnydia, der kolossale Jupiterkopf. Von besonderem Interesse sind die beiden Porphyrsarkophage Konstanz und St. Helena, Tochter und Mutter von Konstantin.

Chiaramonti Museum - Es beherbergt mehrere römische Skulpturen, wie die Statue von Ganymede, einen kolossalen Kopf der Athene, ein Porträt von Tiberius, ein Relief mit den Drei Grazien (1. Jahrhundert n. Chr.) ). Viele heidnische und christliche Inschriften sind in der Galleria Lapidaria ausgestellt, Statuen wie der verwundete Amazonas, der Spearman, die riesige Nilstatue und der Augustus aus Prima Porta sind im Neuen Flügel ausgestellt.

Etruskisches gregorianisches Museum - Es enthält mehrere Funde, die hauptsächlich aus Ausgrabungen des 19. Jahrhunderts stammen, die in Süd-Etrurien durchgeführt wurden, wie etwa das Grab des Regolini-Galassi-Grabes. Die Ausstellung umfasst Sarkophage und eine reichhaltige Sammlung griechischer, italienischer und etruskischer Vasen. Von besonderem Interesse ist die zweisprachige Grabstele von Todi mit einer doppelten Inschrift in lateinisch und in gallisch (2. Jahrhundert v. Chr.).

Ägyptisches Gregorianisches Museum - Es wurde von Vater Ungarelli, einem der ersten italienischen Ägyptologen, konzipiert und sammelt eine Reihe von Statuen, die Göttlichkeiten oder Persönlichkeiten der königlichen Familie darstellen, wie beispielsweise die Mutter und Schwester von Ramses dem Zweiten, Sarkophage, Mumien und Elemente der Bestattungsausstattung. Auch die Statuenverzierung des Serapeums in der Villa Adriana in Tivoli wurde rekonstruiert.

Profanes Gregorianisches Museum - Es zeigt griechische und römische Skulpturen wie drei Fragmente des Parthenon in Athen, den Kopf der Athene (460 v. Chr.), den Altar des Vicomagistri (erstes Jahrhundert) AD) und zwei große Erleichterungen, die die Ankunft von Vespasianin Rom und die Abfahrt von Domitian repräsentieren. Es enthält auch Sarkophage, die mit mythologischen Motiven geschmückt sind. Die Gruppe Athene und Marsia hebt sich von den Bronzekopien ab.

Christian Pious Museum - Es sammelt Material aus den Ausgrabungen der römischen Katakomben, mehrere Sarkophage (3.-5. Jahrhundert n. Chr.), von denen einer eine Kopie des Sarkophags von Junius ist Bassus und die Statue des Guten Hirten (3. Jahrhundert n. Chr.).

Ethnologisches Missionsmuseum - Es dokumentiert die religiösen Ereignisse und Kulte anderer Kontinente. Von besonderer Bedeutung sind die Azteken-Skulpturen aus dem 15. Jahrhundert, die indischen Skulpturen der hinduistischen Götter, die Ritualmasken aus Ozeanien und Afrika.

Sammlung moderner religiöser Kunst - Teilweise eingerichtet in den von Pinturicchio dekorierten Räumen des Borgia Apartments. Hier werden Werke von Rosai, Boccioni, Balla, De Chirico, Guttuso und ausgestellt Manzù.

Upper Galleries - Die Galerie von Candelabra sammelt archäologisches Material der römischen Zeit, wie die Skulpturengruppe von Ganymed und der Adler (2. Jahrhundert n. Chr.) und die Artemis-Statue. Die Galerie der Wandteppiche zeigt Wandteppiche der flämischen und römischen Manufaktur aus dem 16. Jahrhundert. Die Gallery of Geographic Maps zeigt 40 Tafeln, die dem italienischen Territorium von 1580-83 gewidmet sind.

Vatikan Library Museum - Es beherbergt mehrere Zeugnisse sakraler Kunst: Der Saal der Aldobrandini-Hochzeit mit Fresken der römischen Zeit, der Papyrus-Saal mit vergoldeten Gläsern der frühchristlichen Zeit , der Sixtinische Saal mit Fresken von Cesare Nebbia und anderen Künstlern, die Paulinischen Hallen, der Alexandriner Saal und die Clementine Gallery mit Skizzen von Bernini