Das kostbare gotische Gebäude, das die Tradition der Pistoia-Romanik im Äußeren des Äußeren aufrechterhält, wird in Corte als Verbindung zu den Lombard Curtis Domini Regis bezeichnet.

Es wurde in seiner heutigen Form kurz nach der Mitte des 14. Jahrhunderts erbaut. Das ursprüngliche Layout muss jedoch auf eine frühere Epoche zurückgeführt werden, da ein San Giovanni vor der Kathedrale bereits zu Beginn des 12. Jahrhunderts dokumentiert ist. Der Überlieferung zufolge war Bischof Atto kurz nach der Mitte dieses Jahrhunderts begraben worden, dem Pistoia die Einführung des für S. Jacopo wichtigen Kultes verdankt. Obwohl die ursprüngliche Struktur nicht bekannt ist, hatte das Baptisterium, wie es die am weitesten verbreitete Typologie dieser Gebäude wünscht, vermutlich einen zentralen Plan und das Zentrum, das vom Taufbecken besetzt ist. Lanfranco da Como erkannte im Jahre 1226 die Quelle, die wir heute noch bewundern.

Das Datum und die Unterschrift können in der schönen Inschrift in unzialen Zeichen gelesen werden, die sich im Tank befindet. Zu Beginn des vierzehnten Jahrhunderts beschloss die Gemeinde, das Baptisterium zu renovieren, aber das Unternehmen konnte nicht einmal den Krieg beginnen, in dem die Lucchesi und die Florentiner nach Pistoia zogen. Nachdem das erste Viertel des Jahrhunderts und die politische Krise, die die Stadt geplagt hatte, überwunden waren, begannen die Arbeiten. Sobald die Marmorverkleidung erreicht war, wurde die Baustelle dem ehemaligen Baumeister des Baptisteriums und des Camposanto von Cellino di Nese anvertraut Pisa.

Seitdem wurde die Fabrik in San Giovanni regelmäßig weitergeführt: Die großartige Abdeckung wurde abgeschlossen und in der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts wurde die Kirche fertiggestellt. Cellino di Nese war daher der Hauptarchitekt der Außenverkleidung, deren verfeinerte Verwendung von verschiedenfarbigem Marmor eine besondere Interpretation der Tradition der Pistoia-Romanik darstellt. Wahrscheinlich war Cellino auch der Autor eines Teils der skulpturalen Dekoration, die die Marmorverzierung animiert. Die Skulpturen der Lünette des Portals zusammen mit den Reliefs des Architravs sind stattdessen Arbeiten eines Künstlers, der den Wegen des berühmtesten Giovanni d'Agostino nahe kommt.

In der Taufkapelle befindet sich seit der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts der Holzaltar, der einst der Hochaltar der Basilika der Madonna dell'Umiltà war. Im Laufe der Jahrhunderte wurde das Baptisterium mehreren bedeutenden Restaurierungsarbeiten unterzogen, einschließlich derjenigen, die um die Mitte des letzten Jahrhunderts durchgeführt wurden, und der jüngsten, die, obwohl sie zu ihrem ursprünglichen Erscheinungsbild zurückgekehrt waren, die Taufbecken von Lanfranco verborgen haben Spätbarocke Interventionen des Bildhauers Andrea Vaccà haben das alte Gebäude in einen einfachen und kahlen Ziegelsteinraum verwandelt.

Heute hat das Baptisterium seine liturgische Funktion verloren und beherbergt manchmal kulturelle Veranstaltungen.