Das Museum verfügt über die größte und beeindruckendste Sammlung von Blättern aus Papier, den Codex Atlanticus von Leonardo. Diese Blätter sind in thematischen Ausstellungen zu sehen, die alle drei Monate in der Galerie und in der Sacrestia del Bramante (über Caradosso 1, im Komplex Santa Maria delle Grazie im Corso Magenta) aufeinander folgen. Zu diesem Anlass ist nun die Leonardi-Halle mit dem wunderschönen Fresko "Incoronazione di spine" von Luini und der neuen Ausstellung "Ritratto di Musico" (Porträt eines Musikers) von Leonardo, der Federiciana-Halle, dem ursprünglichen Sitz der Die Ambrosiana-Bibliothek und das Peristilio, ein Gebäude aus dem 17. Jahrhundert, in dem andere Werke Leonardos ausgestellt sind, wie die Knoten und das von einem seiner Schüler gezeichnete Porträt von Leonardo. Es ist auch möglich, das letzte Abendmahl von Vespino zu sehen. Bevor Sie in die Pracht der Pinacoteca Ambrosiana eintauchen, lohnt es sich, die Geschichte ihres Gründers, Kardinal Federico Borromeo, zu betrachten.
Jedes Bild kann mit einer Etappe im Leben des Kardinals verknüpft werden. Er war ein bedeutender Mäzen der Künste und stand in Kontakt mit den größten Künstlern der damaligen Zeit. Die Exponate veranschaulichen daher seine Korrespondenz mit anderen italienischen Kardinälen sowie mit Sammlern und Kunstexperten wie Zuccari und Francesco Maria del Monte. Die Sammlung der Galerie ist nicht nur das Ergebnis der Aktivitäten des Kardinals, sondern auch aller Menschen in seiner Gemeinschaft.
Die Geschichte begann 1618, als der Kardinal beschloss, seine große und prestigeträchtige Gemäldesammlung der 1603 gegründeten und 1609 eingeweihten Ambrosiana Library hinzuzufügen. Der Grund für diese Entscheidung lag in seinem Bestreben, seine Sammlung zur Verfügung zu stellen und das Bewusstsein der Öffentlichkeit für die Welt der Kunst zu stärken. Der zentrale Kern der Pinacoteca Ambrosiana, eine der originellsten und systematischsten Kunstsammlungen in Mailand, basiert auf heiliger Kunst. Die Sammlung reicht vom Mittelalter bis zur Mitte des 16. Jahrhunderts. Die Museumssequenz umfasst berühmte Gemälde wie Caravaggios „Fruchtkorb“ und Tizians „Anbetung der Könige“. Die Besucher können den Stilunterschied von Zeichnungen von Raffael und Michelangelo untersuchen und Werke von Leonson und Portraits aus dem 16. Jahrhundert bewundern.
Die Kunstsammlung, die im Laufe des Lebens ihres Gründers entstanden ist, ist nach seinem Tod noch größer geworden.
Der Kardinal beauftragte mehrere Werke seines Vertrauenskünstlers, Kopien großer Meisterwerke der Renaissance, insbesondere von Leonardo Da Vinci, mit dem Ziel, ein sichtbares Erbe für zukünftige Generationen zu hinterlassen. Auf der Kopie dieses Meisterwerks wollte der Kardinal die Inschrift: "Die ursprünglichen Bilder des letzten Abendmahls, zumindest die verbleibenden, verblassen, und diese Kopie wurde so erstellt, dass diese Bilder irgendwie erhalten bleiben und dass Leonardos Meisterwerk nicht dauerhaft verloren geht Eine andere von Vespino angefertigte Kopie, die in der Pinacoteca vorhanden ist, ist Die Jungfrau der Felsen, die wahrscheinlich nach dem letzten Abendmahl ausgeführt wurde; Das Original befindet sich in London und schmückte einst die Kapelle der Unbefleckten Empfängnis im Kloster S. Francesco Grande in der Nähe der Basilika von Sant'Ambrogio. Federico Borromeo begann in Rom mit dem Sammeln zu beginnen und setzte seine intensivere Arbeit in Mailand fort, wo er sich mit dem Gemälde seiner Zeit in der Stadt beschäftigte. Seine persönliche Bekanntschaft mit Künstlern der Accademia di Pittura dell'Ambrosiana, Mancone, Biffi und Crespi spielte eine wichtige Rolle bei der Pflege der Sammlung.
Das künstlerische Vermögen der Pinacoteca beträgt heute mehr als 1.600 Werke.
Auch hier wird eine lange Haarsträhne von Lucrezia Borgia, Herzogin von Ferrara, aufbewahrt. Es ist in einem kostbaren Reliquiar aus Glas, Bronze und Malachit konserviert; Im 19. Jahrhundert wurde es zu einer Art Relikt, zu einem Fetisch, der viele Schriftsteller und Dichter ansprach, die durch Mailand gingen. Die Legende besagt, dass ihr Geist in der All-Souls-Nacht durch die Korridore und Räume der Pinakothek gleitet, auf der Suche nach dem Sarg mit der Haarlocke, der Verführungswaffe und einem Symbol der Eitelkeit. Einmal gefunden, wäscht und kämmt sie es wie zu Lebzeiten und ist aus diesem Grund immer noch schön, weich und glänzend.