Das archäologische Museum befindet sich in einem einzigartigen architektonischen Umfeld. Das ehemalige Kloster des Monastero Maggiore von San Maurizio wurde im 8. Jahrhundert n. Chr. Gegründet. Hier sind noch Spuren der Geschichte des alten Mailands zu sehen. In der Kaiserzeit wurde das Gebiet von einem Wohnhaus aus dem ersten Jahrhundert n. Chr. Zusammen mit den römischen Mauern und dem großen Zirkus neben dem Kaiserpalast besetzt.
Die Sammlungen werden je nach Herkunftskultur in verschiedenen Räumen ausgestellt. Im Erdgeschoss befindet sich nach dem ersten Kreuzgang (einer Mailänder Architekturdekoration) der Abschnitt über das antike Mailand. Unten führt die Route nach Living in Mediolanum. Im Erdgeschoss befinden sich auch die Abschnitte Caesarea Maritima (Israel) und Gandhara.
Die Aussichtsroute setzt sich im hinteren Kreuzgang fort ("Mailänder Gesellschaft durch Inschriften"). Am Ende des zweiten Klosters führt ein Weg zum polygonalen Turm (spätes drittes Jahrhundert) mit frühmittelalterlichen Fresken (dreizehntes Jahrhundert) und kommt in das neue Museum in der Via Nirone, wo sich der frühmittelalterliche Teil im ersten Stock befindet.
In der zweiten Etage befindet sich der etruskische Abschnitt. Die Gegenstände sind ein wichtiges Erbe, das für die Rekonstruktion vieler Aspekte der etruskischen Zivilisation wertvoll ist.
Der dritte und letzte Stock ist der griechische Bereich. Die Ausstellung widmet sich der griechischen Gesellschaft und dem von wirtschaftlichen Aktivitäten geprägten Alltag, von Theater und Religion bis hin zu Reflexionen über Leben und Tod.
Die ägyptischen Sammlungen der Ur- und Frühgeschichte sind im Sale Visconti des Castello Sforzesco zu sehen.
In der Provinz Novara gefunden, ist der großartige Trivulzio diatreta-Pokal (der Titel bezieht sich auf die noble Mailänder Familie und die Sammlung, zu der er lange Zeit gehörte) eines der bekanntesten Beispiele für die in eine Form geblasene Vasa diatreta und dann auf die Oberfläche geätzt, um ein Dekor mit offener Arbeit zu erhalten. Es gilt als einer der aufregendsten archäologischen Funde des spätrömischen Reiches (3.-4. Jahrhundert).