Die Bibliothek des Archiginnasio versucht, das im Laufe der Jahrhunderte im Palazzo des Archiginnasio gesammelte dokumentarische Erbe zu erhalten, zu vermehren und zu fördern. Die Bibliothek bietet Fachinformationen und Forschungsdokumentationen und ist an der Kulturförderung beteiligt. Aufgrund seiner historischen Bedeutung und seiner Sammlungen zählt der Archiginnasio zu den wichtigsten städtischen Bibliotheken in Italien. Als Zeugnis der Kultur Bolognas gilt es seit seiner Gründung als privilegierter Ort für die Bewahrung des Gedächtnisses der Stadt. Verschiedene Abschnitte widmen sich der Dokumentation der Kultur Bolognas durch antike und moderne gedruckte Werke, Chroniken, Karten, Fotografien usw.

Die Bibliothek beherbergt eine umfangreiche Sammlung antiker und moderner Manuskripte und seltener Bücher, die als unverzichtbares Ausgangsmaterial für das Museum gelten ein breites Spektrum kultureller Phänomene und das Studium der Humanwissenschaften aus historischer Sicht. Die wichtigsten bibliografischen Themen, die vertreten werden, bestehen aus den Disziplinen Geschichtswissenschaft, Philosophie, Politik, Literatur, Kunst, Biographie und Bibliografie.