Den första kärnan i Vatikanmuseerna och gallerierna var en samling forntida skulpturer skapade av Jules den andra (1503-13).Idén med museet utformades av Clement den trettonde (1758-69), som inrättade det profane museet med hjälp av Winckelmann.Clementine Pious Museum skapades av Clement The Fourteenth (1769-74) och fromma den sjätte (1775-99) och Chiaramonti-museet inrättades av Canova 1807-1810 under fromma den sjunde.1822 öppnades den nya vingen.Det etruskiska gregorianska museet öppnades 1837 och det gregorianska egyptiska museet 1839, det profane Lateran -museet (nu det gregorianska profanmuseet) 1844 och successivt det fromma kristna museet, alla under Gregory det sextonde.Under de första decennierna av det tjugonde århundradet inrättades det etnologiska missionärsmuseet och bildgalleriet öppnades för allmänheten.1973 invigde Paul det historiska museet och samlingen av modern religiös konst.

Clementine Pious Museum -Det samlar exemplar av forntida skulpturer som Apollo i Belvedere (130-140 e.Kr.), Laocoon-gruppen (första århundradet e.Kr.Venus Cnydia, den kolossala chefen för Jupiter.Av särskilt intresse är de två porfyren sarkofagi av Constance respektive Saint Helen, dotter och mor till Konstantin.

chiaramonti -museet - Det är värd för flera romerska skulpturer, såsom statyn av Ganymede, ett kolossalt huvud av Athena, ett porträtt av Tiberius, en lättnad med de tre nådarna (första århundradet e.Kr.).Många hedniska och kristna inskriptioner visas i Galleria lapidaria, och statyer som den sårade Amazonas, Spearman, den enorma statyn av Nilen och Augustus från Prima Porta ställs ut i den nya vingen.

etruskisk gregoriansk museum -Det innehåller flera fynd som huvudsakligen kommer från nittonhundratalets utgrävningar utförda i södra Etruria, till exempel Trousseau of the Regolini-Galassi-graven.Utställningen inkluderar sarkofagi och en rik samling av grekiska, italiot och etruskiska vaser.Av särskilt intresse är den tvåspråkiga graven av Todi med en dubbel inskription i Latinand i galliska (andra århundradet f.Kr.).

egyptisk gregoriansk museum - Det utformades av far Ungarelli, en av de första italienska egyptologerna, och samlar en serie statyer som representerar gudomligheter eller personligheter i kungafamiljen, till exempel modern moderoch syster till Ramses den andra, sarkofagi, mumier och element i begravningsmöblerna.Statydekorationen av serapeum vid Villa Adriana i Tivoli har också rekonstruerats.

Profane Gregorian Museum - Det uppvisar grekiska och romerska skulpturer som tre fragment av Parthenon i Aten, chefen för Athena (460 f.Kr.AD) och två stora lättnader som representerar ankomsten av Vespasianin Rom och Domitianens avgång.Det inkluderar också sarkofagi dekorerad med mytologiska ämnen som gruppen av Athena och Marsia sticker ut från bronskopiorna.

Christian Pious Museum -Det samlar material som kommer från utgrävningarna av de romerska katakomberna, flera sarkofagi (tredje femte århundradet e.Kr.Bassus och statyn av den goda herden (tredje århundradet e.Kr.).

etnologiskt missionärsmuseum - Det dokumenterar de religiösa händelserna och kulterna från andra kontinenter.Särskilt relevans är det femtonde århundradet aztekiska skulpturer, de indiska skulpturerna av hinduistiska gudar, de rituella maskerna från Oceanien och Afrika.

samling av modern religiös konst - delvis inrättad i rummen i Borgia -lägenheten, dekorerad av Pinturicchio, det ställer ut verk av Rosai, Boccioni, Balla, de Chirico, Guttuso ochManzù.

Upper Galleries - Galleriet för Candelabra samlar arkeologiskt material i den romerska tidsåldern, såsom skulpturgruppen av Ganymede och Eagle (andra århundradet) och statyn av Artemis.Galleriet med tapisserier visar tapisserier från det sextonde århundradet flamländska och sjuttonhundratalet romersk tillverkning.Galleriet med geografiska kartor uppvisar 40 paneler som ägnas åt Italiens territorium som gjordes 1580-83.

Vatikanbiblioteksmuseet - Det är värd för flera vittnesmål om helig konst: Hallen i Aldobrandini -bröllopet med fresker från den romerska tidsåldern, hallen i papyri med förgyllda glas i den tidiga kristna åldern, The Sistine Hall med fresker av Cesare Nebbia och andra konstnärer, Pauline Halls, Alexandrine Hall och Clementine Gallery med skisser av Bernini