Katakomberna i San Callisto är de mest kända av de romerska katakomberna och den första officiella underjordiska begravningsplatsen för tidiga kristna, inklusive många martyrer i andra och tredje århundradet.Det var förmodligen Calixtus som huvudsakligen var ansvarig för att kyrkan blev den juridiska ägaren till kyrkogårdarna.Calixtus utnämndes till administratör av kyrkogården som bär hans namn av påven Zephyrinus.År 217 efterträdde han Zephyrinus som påven och fem år senare dog han.

Utgrävningarna har avslöjat fem olika nivåer av loculi, nischer där kropparna, inslagna i ark, placerades i nivåer.Öppningarna för loculierna stängdes med plattor av marmor, men dessa har för länge sedan försvunnit, liksom alla värdeföremål.En stor attraktion är den påvliga krypten med resterna av flera martyrade tidiga påvar.I närheten, med sina byzantinska fresker, är kubikulum av St. Cecilia, vars kropp upptäcktes här av påven Paschal I och flyttade till Santa Cecilia i Trastever.Andra skåp har fresker och kristna symboler snidade på väggarna.I Crypt of St. Eusebius är en sarkofag som innehåller två mumifierade kroppar.