Komplexet byggdes 1418 med en donation gjord av Carlo Malatesta, härskare över Rimini från 1385 till 1429, som hade en landsbostad i närheten.The church and monastery were entrusted to the Augustinians of St Paul the First Martyr of Hungary, inexplicably recalled to Hungary in 1420. Carlo then assigned the complex to the Benedictines of Mount Oliveto Maggiore, who owned the abbey and its estates until 1797, when theyförvisades under de napoleoniska undertryckningarna.

Olivetanerna förstorade och förändrade klostret.Den ursprungliga kyrkan byggdes om och förbättrades med många konstverk.Fasaden som ses i dag bär armarna från Roberto Malatesta, härskaren över Rimini från 1468 till 1482, men det panelerade taket med armarna på Carlo Malatesta vid mitten är från ett senare datum.De två sidokapellerna, som för närvarande användes som offer, lades till i början av 1500-talet, och den högra handen frescoed av Girolamo Marchesi da Cotignola.Giorgio Vasari (1511-74), som besökte klostret för att ha en kopia gjord av hans "le vite de 'più eccellenti arkitetti, pittori et scultori italiani, da cimabue insino a' tempi nostri", målade ett altarkstycke för monkarna 1547 1547-48 visar tillbedjan av Magi, som nu hänger i kören.Efter att Olivetans ordning undertrycktes fick kyrkan titeln på församlingskyrkan San Fortunato, överförd från en äldre kyrka längre nerför kullen.

Hela komplexet skadades allvarligt under andra världskriget och har inte rekonstruerats helt.