Beläget i den gamla staden var kyrkan ursprungligen tillägnad Santa Maria Degli Alemanni och var en gång sätet för Teutonic Knights: den var faktiskt värd för den heliga bilden av Our Lady of the Alemanni.
Mot slutet av det tolfte århundradet var många tyskarna på väg till Jerusalem som gick förbi Bari: antalet ökade avsevärt efter att swabierna bosatte sig där.

1492 gav påven oskyldig VIII, på begäran av Ludovico il Moro, kyrkan till de fattiga klararna, och namnet ändrades till St. Clare.
Senare var kyrkan lossad av Teutonic Knights och genomgick flera renoveringar.
1861 förvandlades det till och med till kaserner.
1897 revs den övre delen av det artonde århundradet klocktornet.

Fasaden, kännetecknad av extremt enkla linjer, är gjord med inte vitkalkad sten.Anläggningen har en enda skiva och altaret är i barockstil och innehåller sarkofagen i St. Clare.
Golvet en gång i Majolica, är idag tillverkat med fin marmor.
Kyrkan innehåller målningar av sjuttonhundratalets konstnärer Gliri Nicola och Andrea Miglianico (eleven i Luca Giordano).