Santa Maria delle Grazie ligger på platsen för en forntida fristad med en vår som i den etruskiska-romerska eran invigdes till Apollo.Under medeltiden var det känt som Fonte Tecta.

1425 försökte Saint Bernardino från Siena förgäves att förstöras.Avkastad från staden återvände han 1428 och den här gången kunde han få ersättningen av våren med ett oratorium.Här, från 1428 och 1431, målade Parri di Spinello en fresco med Madonna från Misericordia, nu insatt i marmoralter av Andrea della Robbia (1487–1493).Altaret skildrar, i tympanum, en madonna med barn mellan två vinklar;I nischerna är de heliga laurentinus, pergentinus, donatus och Bernardino, medan paliotto har en pietà.

Cirka 1490 fick Oratoriet en portik, designad av Benedetto da Maiano.Strukturen är inspirerad till Brunelleschis Ospedale Degli Innocenti.På den längsta sidan har den sju arkader med medaljonger, på en källare med trappsteg.

Själva kyrkan byggdes från 1435 till 1444, en sen gotisk byggnad designad av Domenico del Fattore, med en enda skiva med korsvakt och en kort apse.Den innehåller en fresco (ca 1477-1481) med påven Sixtus IV tronerad mellan kardinalerna Gonzaga och Piccolomini.På höger sida byggdes ett kapell tillägnad Saint Bernardino efter hans död 1444.