Инструментальный музей Академии Санта-Сесилия был основан в 1895 году под названием Древний и современный инструментальный музей Академии с целью предложить широкий обзор различных типов инструментов культурной и популярной музыкальной традиции.

Его происхождение восходит к историческому концерту, организованному Римским музыкальным обществом в мае 1889 года, во время которого играли старинные инструменты. Пять из них были подарены Академии и выставлены в музее.

В 1900 году коллекция насчитывала 77 инструментов, частично купленных Академией, частично подаренных антикварами и коллекционерами. В 1926 году музею была передана коллекция лютни и мандолин королевы Маргариты Савойской, состоящая из 26 экземпляров неаполитанской и миланской школ.

Еще одно заметное количество образцов поступило от Национальных конкурсов по искусству изготовления лютни (1952-56), проводимых Академией, и от пожертвования в 1962 году скрипача Джоаккино Паскуалини. В настоящее время в витринах выставлена ​​только часть из 260 инструментов коллекции.

Самым важным и самым известным образцом является скрипка Страдивари под названием «Ил Тоскано» из Медицианского квартета, купленная в 1953 году итальянским государством для Академии. Образцы арочных лютен, относящихся к шестнадцатому веку и фламандскому шпинату 1623 года, ценны.

Особый интерес представляют 80 экземпляров этнографического разреза из Центральной и Южной Италии, континентальной Европы, Центральной Африки, Ближнего Востока и Дальнего Востока.