Хотя местная историография отдает должное легендарному присутствию двух монахов-доминиканцев Систо и Ристоро, архитекторов флорентийской церкви Сан-Мария-Новелла, информации об основании комплекса Пистойя очень мало. Точно так же указание Вазари на вмешательство Джованни Пизано, к которому историки Пистойи приписывали портал и церковный хор, кажется беспочвенным.

Совершенно очевидно, что вместо этого доминиканские отцы, возглавив небольшую молитву Распятия, все еще хранительницу важной фрески последних лет тринадцатого века, основали новую церковь и прилегающий монастырь чуть более середины XIII века. века.

Церковь Сан-Доменико, построенная только в четырнадцатом веке, с ее уникальным и широким нефом, трансептом и пресвитериальными часовнями, сразу же стала одной из самых больших и престижных религиозных построек в городе. Лучшие художники, работавшие в Пистойи между четырнадцатым и пятнадцатым веками, оставили свое свидетельство о своей работе. Среди них имена Джованни Кристиани и Антонио Витэ для фресок, а также Бернардо и Антонио Росселлино для скульптуры.

Им приписан похоронный памятник юристу Филиппо Лаццари у первого алтаря справа и могиле блаженного Лоренцо да Рипафратта, эта последняя скульптура до сих пор является предметом изучения. Есть также могила доминиканского епископа Андреа Франки, который руководил шествием Бьянки по случаю чумы 1399 года. В монастыре в течение 1497 года умер известный флорентийский художник Беноццо Гоццоли. Церковь увидела Фра Паолино, отца-доминиканца, который был последователем Савонаролы, как и весь монастырь в Пистойи, который нарисовал стол с Поклонением волхвов и священным разговором, который сегодня присутствует в церкви Сан Пол.

В последующие века церковь Сан Доменико стала объектом преобразований, вдохновленных изменением вкуса. Благородные семьи Пистойя выбрали его в качестве места захоронения, как видно из многочисленных погребальных надписей. Панчиатичи, Канчеллиери, Целлези, Балдинотти, Гаттеши и другие были семьями, которые хотели во славу алтарей вдоль стен главного нефа.

Фрески с историями из жизни Сан-Доменико, написанные Себастьяно Вини в большом монастыре, датируются концом шестнадцатого века, а массивная перестройка, которая привела к жертвам витражей, закрывавших хор и семнадцатый век окна с одним светом, замененные окнами в стиле барокко. В том же столетии люнеты небольшого монастыря были украшены фресками, которые в настоящее время уменьшены только до одной стороны в результате военного ущерба, с историями из жизни Магдалины, написанными художниками Улиссе Чокки, Микеланджело Синганелли и Джованни Мартинелли, все ученики флорентийского мастера Бернардино Поччетти Грэйвли бомбили В ночь на 24 октября 1943 года церковь и монастырь Сан-Доменико были восстановлены, и многие из произведений искусства вернулись в былую славу.