Музей расположен внутри центрального здания университета, с видом на внутренний двор павшего, древний медицинский дворик университета.

Открыт в 1936 году, он сохраняет рукописи, печатные тексты, подготовленные анатомические и натуралистические научные инструменты, которые представляют собой свидетельство истории университета из его средневекового происхождения.

Во второй половине XVIII века, когда в результате реформ, к которым стремилась императрица Австрии Мария Тереза, Павийский университет стал одним из самых авангардных научных центров в Европе. оригинальные ядра основных коллекций, раздел физики, собранные вокруг инструментов древней лаборатории Алессандро Вольта, и раздел медицины, наследник анатомических коллекций, которые Антонио Скарпа организовал в помещении, в котором в настоящее время находится Музей.

В разделе медицины, разделенном на три комнаты, хранятся инструменты и препараты, относящиеся к деятельности анатомической школы Антонио Скарпа и к музею естественной истории Лаззаро Спалланцани, оба прибыли в Павию. конец восемнадцатого века, прогресс в области хирургии и клиники в течение девятнадцатого и двадцатого веков, с такими фигурами, как Луиджи Порта и Карло Форланини, и деятельность научной школы, основанной Камилло Гольджи, первым итальянцем, который выиграл - в 1906 году - Нобелевская премия по медицине благодаря разработке гистологического метода, заложившего основы современной неврологии.

В секции физики был реконструирован Кабинет Физики Алессандро Вольта, который первоначально находился на первом этаже с видом на правовой портик, в комнатах, прилегающих к физическому Театру.

Под руководством Вольты, начиная с 1778 года, Кабинет был оснащен новейшими инструментами для преподавания и исследований и стал местом, которым восхищаются многочисленные итальянские и иностранные посетители. Во второй комнате находятся инструменты, которые использовались преемниками Вольты в девятнадцатом веке.

Музей также хранит архив, охватывающий хронологическую дугу с начала пятнадцатого до двадцатого века. Документация, которая особенно интересна с точки зрения истории медицины, представляет собой важную интеграцию того, что хранится в Государственном архиве Павии (древний архив университета) и в историческом архиве университета.