Строительство церкви и монастыря было начато орденом кармелитов, и первая месса была отмечена там 25 мая 1268 года, еще до того, как церковь была завершена.
Здания претерпели длинный ряд изменений, которые радикально изменили их внешний вид. В 1330 году церковь была почти полностью разрушена пожаром и частично перестроена, прежде чем ее покинули кармелиты, которые переехали в другое место. Планы по восстановлению начались в 1400 году, и работы начались под управлением Джана Галеаццо Висконти, но в 1446 году, когда здания находились на продвинутой стадии завершения, и церковь, и монастырь рухнули.
Архитектор Пьетро Антонио Солари был введен в эксплуатацию в 1449 году, и к этому периоду можно отнести прыжки и внешние части трансепта, видимые сегодня. В 1654 году началась капитальная реконструкция пола, башни и главной двери.
Церковь изначально была посвящена Благовещению, о чем свидетельствуют два барельефа рядом с главной дверью. Позже он принял название Церкви Очищения, прежде чем был посвящен Санта-Мария-дель-Кармине. В течение долгого времени это было ориентиром для некоторых важных орденов, таких как знаменитая и могущественная «Школа одежды Кармеля», которая в самый ранний период (вплоть до 1391 года) боролась за первенство с «Архи-братством Поклонники очищения ». Колокольня, построенная в 1664 году Сандрини, была уменьшена в высоте австрийцами в 18 веке. Воскресная месса включает в себя три службы на английском языке, в 8:30. м., 10.30 а. м. и 4.30 р. м. В четверг в 5 р. м. есть месса на английском и тагальском языках, последний является самым важным языком, на котором говорят в Филиппинской Республике. Фасад является прекрасным образцом ломбардского неоготического искусства, целиком из кирпича и терракоты. Его строительство началось в 1673 году, и было завершено только в 1883 году по проекту Антонио Поццоне. Карло Макиакини значительно изменил его, и эти изменения получили серьезную критику со стороны современных ученых.