Первым ядром Ватиканских музеев и галерей была коллекция древних скульптур, созданных Жюлем Вторым (1503-13). Идея музея была придумана Климентом Тринадцатым (1758-69), который при содействии Винкельмана создал Музей профанов. Музей Климента Благочестивого был создан Климентом Четырнадцатым (1769-74) и Благочестивым Шестым (1775-99), а Музей Кьярамонти был создан Кановой в 1807-1810 годах при Благочестивом Седьмом. В 1822 году было открыто новое крыло. Этрусский григорианский музей был открыт в 1837 году, а Грегорианский египетский музей - в 1839 году. В 1844 году - Музей профанации латеранского (ныне Музей григорианства профана), а затем - Музей благочестивых христиан. Все они принадлежали Григорию Шестнадцатому. В первые десятилетия двадцатого века был создан Этнологический Миссионерский Музей, и Картинная галерея была открыта для публики. В 1973 году Павел Шестой открывает Исторический музей и коллекцию современного религиозного искусства.

Музей Клементина Благочестивого . Здесь собраны образцы древних скульптур, таких как Аполлон Бельведер (130-140 гг. н.э.), Группа Лаокоон (первый век н.э.), Аполлон Сауроктонос и Венера Книдия, колоссальная Голова Юпитера. Особый интерес представляют два порфировых саркофага Констанции и Святой Елены, соответственно дочери и матери Константина.

Музей Кьярамонти . Здесь находится несколько римских скульптур, таких как статуя Ганимеда, колоссальная голова Афины, портрет Тиберия, рельеф с тремя грациями (первый век нашей эры). ). Многие языческие и христианские надписи выставлены в Galleria Lapidaria, а в Новом Крыле выставлены такие статуи, как Раненая Амазонка, Копье, огромная статуя Нила и Август из Прима Порта.

Этрусский григорианский музей - содержит несколько находок, полученных в основном из раскопок девятнадцатого века, проведенных в Южной Этрурии, таких как гробница Реголини-Галасси. На выставке представлены саркофаги и богатая коллекция греческих, итальянских и этрусских ваз. Особый интерес представляет двуязычная могильная стела Тоди с двойной надписью на латинском и галльском языках (второе столетие до нашей эры).

Египетский григорианский музей - Он был задуман отцом Унгарелли, одним из первых итальянских египтологов, и собирает ряд статуй, представляющих божества или личности королевской семьи, таких как мать и сестра Рамзеса Второго, саркофаги, мумии и элементы погребальной обстановки. Также был реконструирован памятник статуи серапеума на вилле Адриана в Тиволи.

Греческий музей профана - Здесь представлены греческие и римские скульптуры, такие как три фрагмента Парфенона в Афинах, голова Афины (460 г. до н.э.), алтарь Викомагистри (первый век). Н.э.) и два больших рельефа, представляющих прибытие Веспасиана в Рим и отъезд Домициана. Это также включает саркофаги, украшенные мифологическими предметами, группа Афины и Марсии выделяется из бронзовых копий.

Музей христианских благочестивых людей . Здесь собраны материалы, полученные при раскопках римских катакомб, нескольких саркофагов (третий-пятый века н.э.), один из которых является копией саркофага Юния Басс и статуя Доброго Пастыря (третий век нашей эры).

Этнологический миссионерский музей - Он документирует религиозные события и культы других континентов. Особое значение имеют скульптуры ацтеков пятнадцатого века, индийские скульптуры индуистских богов, ритуальные маски из Океании и Африки.

Коллекция современного религиозного искусства - Частично установленная в комнатах квартиры Борджиа, украшенной Пинтуриккьо, в ней представлены работы Розаи, Боччони, Баллы, Де Кирико, Гуттузо и Манец.

Верхние галереи - Галерея канделябров собирает археологические материалы римского века, такие как скульптурная группа Ганимеда и Орла (второе столетие нашей эры) и статуя Артемиды. В галерее гобеленов представлены гобелены фламандского и римского производства XVII века. Галерея географических карт представляет 40 панно, посвященных территории Италии, выполненных в 1580-83 гг.

Музей Ватиканской библиотеки . Здесь хранится несколько свидетельств сакрального искусства: Зал свадьбы Альдобрандини с фресками римского века, Зал папирусов с позолоченными стеклами раннехристианского века. , Сикстинский зал с фресками Чезаре Неббии и других художников, Полинские залы, Александринский зал и Клементинская галерея с эскизами Бернини