As catacumbas de San Callisto são as mais conhecidas das catacumbas romanas e o primeiro cemitério oficial do subsolo para os primeiros cristãos, incluindo muitos mártires do segundo e terceiro século.Provavelmente foi Calixtus quem foi o principal responsável por a igreja se tornar proprietária legal dos cemitérios.Calixtus foi nomeado administrador do cemitério que leva seu nome pelo Papa Zephyrinus.Em 217, ele sucedeu Zephyrinus como papa e, cinco anos depois, morreu.

As escavações revelaram cinco níveis diferentes de loculi, nichos onde os corpos, embrulhados em folhas, foram colocados em camadas.As aberturas para os Loculi foram fechadas com lajes de mármore, mas há muito desapareceram, assim como os artefatos de valor.Uma grande atração é a cripta papal com os restos de vários papas martirizados.Nas proximidades, com seus afrescos bizantinos, fica o cúbico de Santa Cecilia, cujo corpo foi descoberto aqui pelo papa Paschal I e ​​se mudou para Santa Cecilia em TrastEver.Outros cubículos têm afrescos e símbolos cristãos esculpidos nas paredes.Na cripta de São Eusébio está um sarcófago contendo dois corpos mumificados.