O complexo foi construído em 1418 com uma doação feita por Carlo Malatesta, governante de Rimini de 1385 a 1429, que tinha uma residência no país nas proximidades.A Igreja e o Mosteiro foram confiados aos agostinianos de São Paulo, o primeiro mártir da Hungria, inexplicavelmente recordado à Hungria em 1420. Carlo então atribuiu o complexo aos beneditinos do Monte Oliveto Maggiore, que possuía a abadia e suas propriedades até 1797, quando elesforam expulsos durante as supressões napoleônicas.

Os olivetanos aumentaram muito e alteraram a abadia.A igreja original foi reconstruída e aprimorada com inúmeras obras de arte.A fachada vista hoje leva os braços de Roberto Malatesta, o governante de Rimini de 1468 a 1482, mas o teto com painéis com os braços de Carlo Malatesta no centro é de uma data posterior.As duas capelas laterais, atualmente usadas como sacristias, foram adicionadas no início dos anos 1500, e a à direita foi afrescoada por Girolamo Marchesi Da Cotignola.Giorgio Vasari (1511-74), que visitou a abadia para ter uma cópia feita de seu “Le Vite de 'Più Eccellenti Architetti, Pittori et Scultori Italiani, da Cimabue Insino a' Tempi Nostri”, pintou uma altara para os monges em 1547-48 mostrando a adoração dos magos, que agora pendura no coral.Depois que a ordem dos olivetanos foi suprimida, a igreja recebeu o título da Igreja Paroquial de San Fortunato, transferida de uma igreja mais velha mais adiante.

Todo o complexo foi seriamente danificado na Segunda Guerra Mundial e não foi totalmente reconstruído.