O jardim de ervas Pavia (Orto Dei Semplici), mencionado em 1558, foi realocado entre 1772 e 1774 como um jardim botânico em seus jardins e instalações atuais (anteriormente a reitoria de Sant'epifanio).O trabalho começou em 1776 na construção dos conservatórios de madeira (arquiteto G. Piermarini), que foram reconstruídos na alvenaria no início do século XIX (arquiteto L. canonica).Estes são conhecidos como "conservatórios de escopoli", depois que o médico e o botânico G. A. Scopoli, que ensinou lá de 1777 a 1788 e também plantou a árvore plana monumental para o norte deles.

Os novos conservatórios construídos no século XIX incluíram o larangery brioso.O atual layout foi desenvolvido no período de 1945- 48 por R. Ciferri no modelo dos motivos das vilas Lombard do século XVII e XVIII.R. Tomaselli teve um Hothouse construído para espécies tropicais em 1974. O Jardim Botânico cobre uma área de dois hectares e possui aproximadamente 2.000 espécies.Existem azáleas e rosas ao sul, coníferas para o sudeste e espécies de folhas largas entre o edifício e os conservatórios.Os conservatórios de Scopoli contêm suculentas e Cycadaceae.