O Museu de História Natural do Mediterrâneo está localizado a uma curta distância do Museu Cívico Giovanni Fattori.Está hospedado na histórico Villa Henderson e pode ser alcançado pela linha CTT Nord (anteriormente ATL), com paradas na Via Roma ou Piazza Matteotti.

As origens do museu datam de 1929 com a aquisição do rico material presente no gabinete do Instituto Técnico Vespucci;Após a Segunda Guerra Mundial, que causou a perda da coleção, o museu foi reaberto no Aquário Municipal Diacinto Cestoni e, em 1980, foi transferido para a sede da Villa Henderson.

A vila pertencia a Antonio Orlandi em 1762 e depois passou para o Filippi, o Guebhard e depois para o Webb James.Em 1917, depois de ser da família Braachini, ele se tornou propriedade de George Henderson, cuja família pertencia à comunidade britânica da cidade desde o final do século XVIII.Após sua morte, 1934, a propriedade, estabelecida na época por trinta quartos e um vasto parque, passou para a administração provincial de Livorno.O jardim ainda preserva o sistema "inglês" típico, nascido no final do século XVIII.Existem variedades notáveis ​​de espécies arbóreas presentes que com uma fonte hexagonal e uma pequena caverna de pedra com três pequenos arcos, cobertos com vegetação espontânea, enriquecendo o ambiente dominado na entrada por um pinheiro.

O complexo agora é composto pela vila, onde os escritórios administrativos estão hospedados e a nova seção, desenvolvida em três andares, que inclui 4 caminhos divididos em 3 salas de exposição: o homem do homem, a sala de Geopaleontologia, o homem do homem no Mediterrâneo, a sala de anatomia comparativa dos vertebrados.Um quinto caminho, inaugurado em 2009, diz respeito ao voo na natureza e oferece uma visão geral das estratégias desenvolvidas por organismos vegetais e animais desde os tempos de pré -história até os tempos atuais.No mesmo complexo, o planetário e um auditório (com mais de 100 assentos) estão hospedados) equipados com o equipamento mais moderno para reprodução visual e som.Dentro do jardim histórico está o edifício onde está presente a biblioteca histórica-científica: com sua coleção de cerca de 5.000 volumes e mais de 400 revistas, catalogada e acessível pelo público com nome, acaba sendo um excelente centro de documentos e banco de dados para A área do Mediterrâneo.
Sempre dentro do jardim histórico, há a sala de invertebrados, dedicada às inúmeras variedades de seres vivos pertencentes à categoria de invertebrados, aquáticos e terrestres, primitivos e mais avançados: uma parte da sala diz respeito a espécies marinhas (como As esponjas, os moluscos, os equinodermos), enquanto um segundo setor afeta os artrópodes da Terra (por exemplo, aracnídeos, besouros, odiado e outros).

Na Sala del Mare, bem como dioramas que coletam os cenários do Mediterrâneo, é exibida uma série de esqueletos marinhos de cetáceos, entre os quais um espécime de uma fundação comum de baleia encontrada em Piombino em 1990 se destaca , construído especificamente para a exposição ao público do cetáceo e que lembra sua forma em seu arquiter construtivo, oferece uma rica documentação sobre todas as espécies de peixes, mamíferos, tartarugas e pássaros do Mar Mediterrâneo.

Em 2003, o Centro de Educação Ambiental que consiste em uma série de workshops com o equipamento mais moderno foi inaugurado: nas instalações deste centro multifuncional, que representa em todos os aspectos a seção didática do museu, o Museu do Instituto é Capaz de promover, não apenas para o território provincial, mas em uma área muito mais ampla, toda uma série de ações destinadas ao desenvolvimento do ensino para a educação ambiental: o centro varia da botânica à zoologia, da química à arqueologia, da genética à antropologia.
O museu está equipado com o Laboratório de Conservação de Germoplasma, ampliado em 2009 na estrutura existente, na qual é preservada e arquivada em um cientista da computação, um banco de sementes das principais espécies do Mediterrâneo.A atividade realizada nesse setor é direcionada acima de tudo na salvaguarda de espécies ameaçadas de extinção e possui canais de troca ativos com outros bancos europeus de germoplasma.

Há também uma horta botânica que constitui a projeção externa das salas do museu.Ele propõe a flora da bacia do Mediterrâneo, com particular referência à província labrônica e seu arquipélago