Historia klasztoru olivetan w Pistoii sięga drugiej połowy XIV wieku, kiedy biskup Giovanni Vivenzi pobłogosławił położenie pierwszego kamienia na ziemi, która jest prawie całkowicie pozbawiona budynków i blisko ścian. Kilka lat później prace zostały już ukończone, a kompleks, który składał się z kościoła, klasztoru i pomieszczeń wokół niego, mógł gościć Kapitułę Generalną Zgromadzenia, która odbyła się po raz pierwszy poza murami domu macierzystego: opactwo Monteoliveto Maggiore w pobliżu Sieny.

Niezwykła dostępność ekonomiczna osiągnięta dzięki bogatej spuściźnie, której klasztor był obiektem dozwolonym między XV a XVI wiekiem, aby powiększyć i zrestrukturyzować pierwotne jądro, nawet jeśli najbardziej radykalne zmiany nastąpiły w pierwszej połowie wieku następnie, gdy podniesiono i odwrócono salę kościelną. Z tej okazji dodano cztery ołtarze boczne. Jeszcze w XVII wieku fasada została naprawiona i tylko chór z gotyckim sklepieniem żebrowym pozostał niezmieniony. Freski w klasztorze klasztornym pochodzą z tego okresu i zgodnie ze zwyczajem odnotowano ekonomiczny udział głównych rodzin Pistoii.

W XVIII wieku dokonano dalszych zmian w klasztorze, który w drugiej połowie wieku na rozkaz biskupa Ricciego został stłumiony i przeznaczony do siedziby Akademii kościelnej i jej tymczasowej siedziby. Nazwę kościoła klasztornego zmieniono na San Leopoldo, hołd złożony Wielkiemu Księciu, który był twardym wykonawcą idei Ricciego. San Benedetto było siedzibą Synodu Diecezjalnego, który ratyfikował reformy biskupa Pistoia. Od tego momentu rozpoczął się okres porzucenia kościoła i klasztoru z powodu niewłaściwego użycia, na przykład podczas okupacji francuskiej, jako koszary.

W pierwszej połowie następnego stulecia kompleks został przyłączony do seminarium biskupiego korytarzem tak długo, jak droga nazywana dziś przez del Seminario. Kościół poprzedzony portykiem na łukach mieści się w fresku pistacjowego malarza Giovanniego Cristiani przedstawiającego Zwiastowanie i panelu ze św. Franciszką Romaną malarza Giacinto Gimignaniego.

Dzisiaj, po starannej renowacji, w klasztorze mieści się centrum pomocy dla osób starszych, a kościół pełni funkcje parafialne.