Cenny gotycki budynek, który utrzymuje relacje z tradycją romańskiej Pistoii na zewnątrz, nazywany jest corte dla połączenia z lombardzką kurtyną domini regis.

Został zbudowany w obecnej formie tuż po połowie XIV wieku. Jednak pierwotny układ musi pochodzić z poprzedniej epoki, ponieważ San Giovanni przed katedrą jest już udokumentowany na początku XII wieku. Zgodnie z tradycją, wkrótce po połowie tego wieku biskup Atto został pochowany, do którego Pistoia zawdzięcza wprowadzenie ważnego kultu S. Jacopo. Chociaż oryginalna struktura nie jest znana, baptysterium, jak tego chce najbardziej rozpowszechniona typologia tych budynków, prawdopodobnie miało centralny plan i centrum zajmowane przez chrzcielnicę. Lanfranco da Como zrealizował w 1226 r. Źródło, które nadal podziwiamy dzisiaj.

Datę i podpis można odczytać z pięknego napisu w jednostronnych znakach, który znajduje się wewnątrz zbiornika. Na początku XIV wieku gmina postanowiła odnowić baptysterium, ale firma nie mogła nawet rozpocząć wojny, gdy Lucchesi i Florentczycy przenieśli się do Pistoii. Po pierwszej ćwierćwieczu i przełamaniu kryzysu politycznego miasta rozpoczęły się prace, a kiedy marmurowa okładzina została osiągnięta, plac budowy powierzono Cellino di Nese, byłemu mistrzowi budowy baptysterium i Camposanto z Pisa.

Od tego czasu fabryka w San Giovanni była regularnie kontynuowana: wielkie pokrycie zostało ukończone, aw drugiej połowie XIV wieku kościół został ukończony. Cellino di Nese był zatem głównym architektem okładziny zewnętrznej, której wyrafinowane użycie marmuru w różnym kolorze oferuje szczególną interpretację romańskiej tradycji Pistoia; prawdopodobnie Cellino był także autorem części dekoracji rzeźbiarskiej, która ożywia marmurową ozdobę. Rzeźby lunety portalu wraz z płaskorzeźbami architrawu są dziełem artysty zbliżonego do najbardziej znanego Giovanni d'Agostino.

Od pierwszej połowy XVII wieku chrzcielnica mieści drewniany ołtarz, który był kiedyś ołtarzem bazyliki Madonny dell'Umiltà. Na przestrzeni wieków baptysterium zostało poddane kilku poważnym zabiegom restauracyjnym, w tym przeprowadzonym około połowy ubiegłego wieku i najnowszym, które pomimo powrotu do pierwotnego wyglądu chrzcielnicy Lanfranco ukrytej przez późnobarokowe interwencje rzeźbiarza Andrei Vaccà przekształciły starożytny budynek w prosty i gołe pomieszczenie z cegły.

Dziś baptysterium utraciło swoją funkcję liturgiczną i czasami organizuje wydarzenia kulturalne.