Ogród botaniczny w Modenie został założony w 1758 r. Przez księcia Francesco III d'Este, który odłożył część ogrodu na wystawę roślin leczniczych.

W 1765 r. utworzono „Publiczną katedrę botaniki na rzecz Wydziału Medycyny i Ziół Aromatycznych”. Po tym nastąpiła procedura budowy „grzejnika”, który umożliwił dodanie egzotycznych roślin obok tych wcześniej uprawianych.

W 1772 r., dzięki wielkim reformom uniwersyteckim wydanym przez Francesco III, Ogrody Botaniczne przeszły pod Uniwersytet.

W tym samym roku, według projektu architekta Giuseppe Marii Soli, wyłożono działki do uprawy roślin leczniczych i odkopano duży zbiornik znajdujący się na południu, który ma być używany do nawadniania i do przyjmowania zwierząt wodnych flora.

Od 1775 roku z reformami uniwersyteckimi sekcja botaniki stała się nauką u prof. Roberto Francesco De Laugier, wezwanego z Wiednia, by przewodniczył sekcji.

Zdecydowanie naukowo orientował się w Ogrodach, organizując rośliny według klasyfikacji Tournefort i przedstawiając różne gatunki z krajów tropikalnych.

Wiatry rewolucji, kiedy wojska francuskie zajęły Modenę 6 października 1796 r., znacznie osłabiły uniwersytet.

Uniwersytet zmienił nazwę na Lyceum i Ogrody odczuł reperkusje nawet na poziomie organizacyjnym.

Nabycie licznych zbiorów botanicznych, w tym bogatego Ogrodu hrabiego Cattaneo z Novary, datuje się do tej pory.

Około 1820 r. dodano program wymiany ze 126 Ogrodami Botanicznymi na całym świecie. W tym okresie Ogrody wzbogaciły się w szczególności o Zielnik założony przez De Brignoli.

Ogromnym zainteresowaniem cieszyła się darowizna profesora Gibellego, który przekazał swoją bibliotekę i zbiór kryptogramów naczyniowych do Ogrodów.

W latach dwudziestych uzyskano porost Herbarium doktora Baglietto, który wraz z kilkoma już posiadanymi liszajami czyni z Lichenia Zielnik jeden z najważniejszych historycznych herbarium włoskich.

Później nabyto ważną prywatną kolekcję Herbarium generała Vaccari i Emilio Chiovendy, wzbogacając zasoby botaniczne o próbki z Erytrei i Somalii.