Biblioteca Estense (Biblioteka Estense) była rodzinną biblioteką książąt Este. Pochodzący co najmniej z XIV wieku, został w znacznym stopniu wzbogacony w renesansie Ferrary, a ostatecznie został założony w Modenie na początku XVII wieku.

Biblioteka znajduje się w Palazzo del Musei i jest jedną z najważniejszych bibliotek we Włoszech.
Dziś kolekcja Biblioteki zawiera ponad 500 000 dzieł drukowanych, około 11 000 kodeksów, ponad 100 000 liści rękopisu i 1 662 inkunabułów. Wśród rękopisów najbardziej znanym jest 1 200-stronicowa Biblia Borso d'Este, całkowicie granicząca z miniaturami.

Biblioteka posiada wiele średniowiecznych rękopisów, wśród których znajdują się rękopisy biblijne: Codex Mutinensis, Minuscule 358, 359, 585, 586, 618, ℓ 111.

Biblioteka Uniwersytecka Estense posiada jedną salę wystawową, Sala Campori, która w przeszłości gościła stałą wystawę oświetlonych kodów. W ostatnich latach, aby zaspokoić wiele zainteresowań odwiedzających bibliotekę, a także decyzję o zwiększeniu dużej części bibliograficznego bogactwa biblioteki, które w przeciwnym razie pozostałyby nieznane, odbyły się wystawy tematyczne w Sala Campori .

Niektóre kody są jednak nadal widoczne i są szczególnie interesujące z punktu widzenia historyczno-bibliograficznego: podobnie jak Biblia Borso d'Este wciąż wystawiana w sali i zachowane dwie najcenniejsze mapy geograficzne w instytucie - Mapa Catalana i Mapa Cantino - największa część wystaw prezentowanych w Bibliotece Uniwersyteckiej Estense obejmuje również Mszał Borso, Brewiarz Herkulesa I, Mszał Anny Sforzy, De Sphaera.

Znana jest również na całym świecie kolekcja muzycznych rękopisów i książek drukowanych, Raccolta Musicale Estense.