Budowę tego kościoła rozpoczęli w 1256 r. Canonici Regolari di San Marco, zakon Mantui założony pół wieku wcześniej.

Mówi się, że w tym samym miejscu stał poprzedni kościół, zwany Santa Maria w Campo Santo, zbudowany w czasach wczesnochrześcijańskich w miejscu, gdzie Błogosławiony Longino i inni męczennicy ofiarowali swój najwyższy akt wiary.

Z asymetryczną fasadą dwuspadową ozdobioną różowym oknem i pięknymi drzwiami, przestronną nawą i dwiema nawami, Santa Maria del Gradaro jest jednym z najważniejszych zachowanych przykładów późnej sztuki 13C w Mantui.