Pierwszy cmentarz żydowski w Bolonii, położony między kościołem Baraccano a kościołem San Pietro Martire, został zamknięty w 1569 r. Po wydaleniu Żydów z miasta. Aby nie pozostawić śladu, ich cmentarz został przekazany mniszkom San Pietro, a następnie całkowicie zniszczony. Cztery nagrobki w Muzeum Średniowiecznym pochodzą z tego starożytnego miejsca.

Na szczególną uwagę zasługuje nagrobek Shabatài Elkanàn z Rieti, który jest rzadkim przykładem żydowskiej sztuki figuratywnej, ponieważ nie przestrzegano zasady zakazującej robienia obrazów rytualnych. Z przodu, na boniowanej podstawie, znajduje się popiersie młodego mężczyzny trzymającego zwój z epigrafem w postaci żydowskiej. Z tyłu znajduje się płaskorzeźba ze skrzydlatą głową trzymająca poetycki tekst w języku hebrajskim i dwa rzeźbione skrzydlate putty zdobiące boki. Kamienie te są ważnymi świadectwami nie tylko dla sztuki pogrzebowej, ale także dla żydowskiego stylu pisania tamtych czasów.
Obecny cmentarz żydowski, założony w 1869 r., znajduje się na monumentalnym cmentarzu w Bolonii, Certosa.