Kościół został zbudowany w latach 1236-1254 przez wspólnotę franciszkańską. Członkowie wspólnoty przybyli do Bolonii w 1218 r., Kiedy przeniósł się tutaj Bernardo di Quintavalle, jeden z pierwszych uczniów San Francesco. San Francesco dołączył do swoich uczniów w Bolonii kilka lat później.

Obecnie kościół jest swego rodzaju pastiszem różnych stylów, w tym romańskim, gotyckim i wczesnego renesansu.

Wysoka gotycko-romańska fasada, dwie dzwonnice (największa z pierwszych lat XV wieku i druga do 1260) oraz łuki w kaplicach są szczególnie ważne. Obok kaplic znajdują się dwa budynki z XII wieku, w których pochowano Accursio, Odofredo e Rolandino de 'Romanzi.

Wewnątrz kościoła, otoczonego surową i imponującą strukturą, wyróżnia się wspaniały marmurowy ołtarz: został wyrzeźbiony między 1388 a 1393 rokiem przez Wenecjan Jacobello i Pier Paolo dalle Masegne. Ponadto istnieje kilka godnych uwagi zabytków grobowych, takich jak grób papieża Aleksandra V zaprojektowany przez Sperandio (1482), romańska kaplica Muzzarelli i zwiewne krużganki (XIV i XV wiek) pobliskiego klasztoru.