De Modena Botanical Gardens werden opgericht in 1758 door Duke Francesco III d'Este die een deel van de tuin opzij zetten voor de tentoonstelling van medicinale planten.

In 1765 werd de "openbare voorzitter van plantkunde ter ondersteuning van de faculteit geneeskunde en aromatische kruiden" opgezet.Dit werd gevolgd door de procedure voor de constructie van een "verwarming" die het mogelijk maakte om exotische planten toe te voegen naast de eerder gecultiveerde.

In 1772, met de grote universitaire hervormingen uitgegeven door Francesco III, zijn de botanische tuinen aangenomen onder de universiteit.

In hetzelfde jaar, na een ontwerp van architect Giuseppe Maria Soli, werden de plots voor de teelt van medicinale planten aangelegd en werd een grote tank in het zuiden opgegraven om te worden gebruikt voor irrigatie en om aquatisch te hostenflora.

Sinds 1775 werd de Botany -sectie met de universitaire hervormingen een wetenschap met Prof. Roberto Francesco de Laugier, in Wenen in de sectie.

Hij gaf een uitgesproken wetenschappelijke oriëntatie aan de tuinen, regelde de planten volgens de Tournefort -classificatie en introduceerde verschillende soorten uit tropische landen.

De winden van revolutie die binnenkwamen toen Franse troepen Modena bezetten op 6 oktober 1796, ondermijnden de universiteit aanzienlijk.

In feite veranderde de universiteit zijn naam in Lyceum en de tuinen voelden de gevolgen, zelfs op organisatieniveau.

De acquisitie van talloze botanische collecties, waaronder de rijke tuin van graaf Cattaneo van Novara, dateren tot nu toe.

Rond 1820 werd een uitwisselingsprogramma met 126 botanische tuinen over de hele wereld toegevoegd.Tijdens deze periode werden de tuinen met name verrijkt door de herbarium opgezet door de Brignoli.

van grote interesse was de donatie van professor Gibelli die zijn bibliotheek en verzameling vasculaire cryptogrammen aan de tuinen liet lieten.

In de jaren 1920 werd het Lichen Herbarium of Doctor Baglietto verworven dat, samen met een paar anderen die al in handen waren, het korstmos herbarium tot een van de belangrijkste historische Italiaanse herbaria maakt.

Later werd de belangrijke privé -herbariumcollectie van generaal Vaccari en Emilio Chiovenda verworven en het verbeteren van de botanische activa met monsters uit Eritrea en Somalië.