Het werd gebouwd in 1866 en het had slechts één spoorlijn richting Taormina, terwijl in 1889 een nieuwe spoorlijn werd geopend voor San Filippo del Mela.Messina was voor zijn geografische positie een strategische locatie om de rest van Sicilië te bereiken en naar het continent te vertrekken.

De wederopbouw ervan na de aardbeving van 1908 begon in 1939 onder de impuls van het toenmalige hoofd van de regering, Benito Mussolini, die tijdens zijn bezoek de eerste slag gaf om de oude ruïnes neer te halen.Het gebouw is ontworpen door de architect Mazzoni, en het is in rationalistische stijl met grote kamers en een eenvoudige, lineaire en imposante structuur.

Naast het gebouw ligt het maritieme station, een dwarsweg van veerboten, die de treinen beginnen die vandaan komen en naar het continent vertrekken.In het interieur is er een mozaïek gemaakt door M. Cascella, geïnspireerd door de toespraak van Mussolini in Palermo, waar hij 'Sicilië als het centrum van het rijk' verklaarde.Het vertegenwoordigt de geschiedenis van Sicilië, van de ingang van de Noormannen tijdens de Siciliaanse Vespers, tot de Valle Dei Templi van Agrigento en Archimedes.