L'esposizione, dedicata all'archeologia d'ambito locale, presenta reperti ordinati con criterio tematico-cronologico in tre sezioni: Museo, Orto Lapidario, Giardino del Capitano. 
Il Museo raccoglie materiali archeologici della preistoria e protostoria locale, accanto alla collezione egizia e copta, ai vasi greci, alle sale dedicate alla civiltà romana e alla sala delle ceramiche maya. 
L'annesso Orto Lapidario si articola su quattro livelli ed espone rilievi ed iscrizioni aquileiesi a carattere sacro, onorario e funerario, reperti istriani d'epoca romana, il tempietto in stile classico con il Cenotafio di Winckelmann e sculture greche e romane. 
Il Giardino del Capitano conserva le torri e le mura quattro-cinquecentesche della città, il lapidario medioevale e moderno con iscrizioni, stemmi, sculture ed elementi architettonici salvati dalle demolizioni degli antichi edifici di Trieste.