Il Museo Diocesano d'Arte Sacra di Siena collocato nell'Oratorio di San Bernardino e nei locali ad esso connessi, venne istituito nel 1980, per volere dell'arcivescovo Mario Jsmaele Castellano (1961 - 1989) per conservare, valorizzare e promuovere la conoscenza del patrimonio storico-artistico, proveniente dal territorio diocesano.

Il Museo, inaugurato nel 1980 per volontà dell'arcivescovo Mario Jsmaele Castellano, aveva sede nei locali del Seminario di Montearioso a Monteriggioni.
Nel 1995 la collezione venne temporaneamente ospitata nella Pinacoteca Nazionale di Siena, finché non è stata trasferita nell'Oratorio di San Bernardino e nei locali ad esso connessi, inaugurati il 13 marzo 1999.
L'itinerario museale si sviluppa in sei sale espositive, lungo il quale sono presentate opere e suppellettile liturgica, databili dal XI al XVIII secolo ed ordinate per cronologia.