Riaperto nel 2010 in un rinnovato assetto espositivo, dopo un lungo e complesso intervento di restauro, il Museo è inserito all'interno delle fabbriche connesse con l'Episcopio, in uno dei siti di Ravenna di più alta concentrazione di testimonianze architettoniche ed archeologiche tardo antiche ed altomedioevali, con due presenze riconosciute dall'Unesco come Patrimonio dell'Umanità, il Battistero degli Ortodossi e la Cappella di Sant'Andrea. Nel museo si conservano i materiali provenienti dall'antica cattedrale ursina (IV sec.), distrutta nel Settecento. Alla "Sala Lapidaria", come fu chiamato in origine il museo, sono aggregati materiali tipologicamente vari e di diversa provenienza: lapidi romane di classiari, sculture e frammenti architettonici, capitelli, mosaici, stele, fronti di sarcofagi, una statua acefala in porfido raffigurante un imperatore vittorioso del V secolo. Il museo custodisce inoltre la famosissima cattedra di Massimiano, uno dei più celebri lavori in avorio che si conoscano, opera di artisti bizantini del VI sec.Al primo piano il percorso si attesta cronologicamente fra collezioni paleocristiane e d'età bizantina, iniziando dalla stessa Sala Lapidaria del Farsetti ed ambiente attiguo, dove l'organizzazione dei materiali ripropone la consistenza originaria ma con una distribuzione cronologica dei reperti. Si includono ora nel percorso anche due inedite salette settecentesche ornate di pregevoli stucchi. Tra i reperti esposti, di notevole importanza, il calendario liturgico in marmo, l'Ambone di Adeodato con iscrizione dell'anno 597, proveniente dalla chiesa dei Santi Giovanni e Paolo, la cappella marmorea dei Santi Quirico e Giuditta, della prima metà del V secolo, con bassorilievi sui quattro fronti; frammenti serici e parati liturgici e la pianeta del vescovo Angelopte, risalente al XII secolo. Il percorso museale prosegue nella cappella arcivescovile, detta anche Oratorio di Sant'Andrea o di S. Pier Crisologo, eretta per volontà di Pietro II, vescovo di Ravenna dal 491 al 519. È preceduta da una piccola ardica con volta a botte rivestita da mosaici, come pure la volta a vele del VI secolo; le lunette laterali sono affrescate dal pittore ravennate del Cinquecento, Luca Longhi. Dall'oratorio si accede alla Torre Salustra, probabile resto dell'omonima porta romana del I secolo d.C. Qui si custodisce la cattedra del vescovo Massimiano, capolavoro della scultura eburnea eseguito da artisti di influssi alessandrini e bizantini. Al secondo piano del palazzo si trova l'Archivio arcivescovile, dove sono custodite circa 13.000 pergamene databili dal VII secolo, sei papiri, tra i quali il diploma pontificio di Pasquale I (819) e un codice miniato di Giulio Clovio. Nelle sale sono esposte alcune opere d'arte, tra le quali una 'Madonna col Bambino' di Baldassarre Carrari e il 'Busto del Cardinal Capponi' di Gian Lorenzo Bernini.