Questo edificio deve nome e fama ad una tradizione locale che lo ha sempre indicato quale sede dell'antica magistratura comunale. Tuttavia questa tradizione non ha mai trovato conferma nei documenti d'archivio. Al di là delle giustificate riserve il palazzo conserva comunque quell'aria autorevole e prestigiosa che in epoca medioevale contraddistingueva la residenza delle più importanti cariche civili.

La sua stessa collocazione fu di assoluto privilegio, infatti sorse lungo quel tratto, l'attuale via di Stracceria, dell'antica via regis, la via che da Porta San Pietro conduceva al centro politico della città posto, un tempo, in piazza della Sala.

La figura del Capitano, che aveva poteri militari e di tutela degli interessi del popolo che direttamente lo eleggeva, si affermò a Pistoia durante l'epoca comunale e restò in auge sino alla seconda metà del XIV secolo quando fu sostituito da un magistrato proveniente da Firenze.

Le prime notizie in merito alla residenza del Capitano del popolo risalgono alla seconda metà del Duecento, quando questi ed il Podestà, qualche volta di concerto qualche altra no, come si legge nei documenti dell'epoca, cominciarono ad acquistare edifici confinanti con la piazza del Duomo. Una carta datata intorno alla fine del secolo indica il palazzo del Capitano in prossimità della Cappella Sancti Johannis, il Battistero, ma non fornisce altra indicazione per cui ancora oggi rimane difficile identificare con certezza il luogo in cui sorgeva l'antica costruzione.

L'edificio che ammiriamo è frutto di diversi interventi architettonici ben individuabili in tre nuclei costitutivi: la torre angolare, la casa-torre immediatamente a sud di questa e un più basso corpo di fabbrica.

Di quest'ultimo rimangono le tracce delle grandi finestre a bifora che conferivano agli ambienti interni il carattere di loggia.Il palazzo ha subito con il passare del tempo e il mutare del gusto molti rifacimenti che se in parte ne hanno modificato l'aspetto, lo hanno anche reso assai particolare proprio per l'evidente sovrapposizione di stili. In archi di pietra a sesto acuto sono state poi inserite bifore in marmo bianco e successivamente finestre rettangolari; quest'ultime sono state distribuite anche in altri punti della facciata su via di Stracceria. Pure la torre angolare ha subito modifiche durante il radicale restauro ottocentesco quando le originali monofore furono sostituite da bifore.
Oggi il palazzo del Capitano del popolo è destinato ad abitazioni private e a usi commerciali.