San Maria, recentemente restituita al culto grazie ad accurati restauri, risale alla metà del XII secolo. Dipendente dalla vicina pieve di Sant'Andrea, la chiesa vide accrescere le proprie fortune durante il secolo successivo, quando alcune facoltose famiglie pistoiesi, scegliendo di risiedere nel Borgo di Ripalta subito fuori la seconda cerchia di mura, l'arricchirono di opere d'arte di notevole pregio.

Di particolare rilievo fu la commessa del casato dei Taviani che per il coro ordinarono la più importante operaad affresco: l'Ascensione, dipinta nel corso dell'ultimo trentennio del Duecento da Manfredino d'Alberto. Successivamente i parrocchiani di Ripalta commissionarono a Giovanni Pisano ilCrocifisso in legno, oggi custodito nella vicina chiesa di Sant'Andrea, divenuto, in seguito, degno di particolare venerazione per i miracoli che si dicono compiuti durante la terribile pestilenza che colpì Pistoia alla fine del Trecento.

Un'iscrizione sotto il porticato ricorda la processione che fu indetta dal vescovo Andrea Franchi per scongiurare il contagio. A seguito del diffondersi della devozione per la miracolosa immagine venne edificata la cappella del Crocifisso che andando a costituire di fatto il braccio destro del transetto, quello sinistro coincide con la cappella di sant'Agnese, trasformò definitivamente la semplice navata in una più articolata croce latina.Preceduta da un portico con arcate a tutto sesto aggiunto nel XVII secolo, l'aula interna ha conservato notevoli brani di pittura a fresco, accuratamente restaurati, tali da aggiungere un importante capitolo alla storia della pittura medioevale pistoiese. La lunetta di facciata ha restituito una duecentesca Majestas Domini. attribuita, come l'Ascensione del coro, a Manfredino d'Alberto.
Nel corso del Trecento lavorarono per Ripalta Antonio Vite che affrescò la Vergine con il Bambino e il Maestro della Cappella Bracciolini cui dobbiamo il Compianto sul Cristo deposto.