Il Museo di Mineralogia dell'Università di Pavia trova origine nella sezione dedicata al ‘regno minerale’ del Museo di Storia Naturale, fondato nel 1771 da Lazzaro Spallanzani. Col passare degli anni il materiale conservato fu riordinato secondo più moderne classificazioni e arricchito di nuove collezioni. Si ricordano i minerali donati dall'Imperatore d’Austria (provenienti dalla Germania, dalla Boemia e dalla Siberia), dal Duca Melzi d’Eril (minerali siberiani), dal Conte di Lodron (collezione di opali lavorati).
Dal 1883 il Museo fu separato da quello di geologia e, nel 1934, parzialmente sistemato nei nuovi locali dell'Istituto di Mineralogia. Le collezioni furono ristrutturate in modo da comprendere una sezione mineralogico-cristallografica e una petrografico-mineraria. Seguì un arresto dello sviluppo del Museo protrattosi per tutta la Seconda Guerra mondiale, quando il materiale fu ammassato in una cantina di cui fu murata la porta per evitare la requisizione. Negli anni ’70, per reperire nuovi spazi per laboratori e studi, il Museo fu trasferito in una zona più ristretta, dove rimase fino al 1993, quando fu spostato nella nuova sede del Dipartimento di Scienze della Terra presso il polo scientifico dell’area Cravino.
Attualmente il Museo fa parte, insieme alla sezione di geologia e paleontologia, del Museo del Dipartimento di Scienze della Terra dell’Università di Pavia, dove vengono conservati circa 10 mila campioni fra minerali, rocce e fossili. Esso fa anche parte del Sistema museale di Ateneo recentemente costituito. L’attuale organizzazione è articolata in una parte di sistematica e una parte regionale e di ‘grandi campioni’. La prima è disposta seguendo l’ordine sistematico di Strunz, senza tenere conto della località di provenienza. La collezione regionale comprende minerali tipici di ogni regione italiana, mentre quella ‘grandi campioni’ è costituita da pezzi di grossa dimensione provenienti dalle più disparate località. I minerali conservati sono circa 8.000. Fra le collezioni minori si ricordano quella della Val Devero, dei diaspri lucidati dell’Est europeo e quella didattica a uso degli studenti. Vi è inoltre una piccola collezione di meteoriti: due hanno particolare valore storico, in quanto cadute nei dintorni di Siena verso la fine del ’700 e raccolte da Lazzaro Spallanzani.
Accanto a queste si trova anche una collezione didattica che riunisce i minerali ‘essenziali’ per una piccola collezione sistematica. Ci sono infine raggruppamenti di minerali mostranti gli habitus più frequenti ed esempi di geminati particolarmente ben formati e cristallizzati secondo le principali leggi di geminazione.
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