Il Museo di Mineralogia fa parte, insieme alla sezione di geologia e paleontologia, del Museo del Dipartimento di Scienze della Terra dell’Università di Pavia, dove vengono conservati circa 10 mila campioni fra minerali, rocce e fossili. Esso fa anche parte del Sistema museale di Ateneo recentemente costituito. L’attuale organizzazione è articolata in una parte di sistematica e una parte regionale e di ‘grandi campioni’. 

La prima è disposta seguendo l’ordine sistematico di Strunz, senza tenere conto della località di provenienza. La collezione regionale comprende minerali tipici di ogni regione italiana, mentre quella ‘grandi campioni’ è costituita da pezzi di grossa dimensione provenienti dalle più disparate località. 

I minerali conservati sono circa 8.000. Fra le collezioni minori si ricordano quella della Val Devero, dei diaspri lucidati dell’Est europeo e quella didattica a uso degli studenti. Vi è inoltre una piccola collezione di meteoriti: due hanno particolare valore storico, in quanto cadute nei dintorni di Siena verso la fine del ’700 e raccolte da Lazzaro Spallanzani.