L’origine della chiesa della Steccata affonda le radici nell’apparizione, nel 1392, di un’immagine di San Giovanni Battista sul muro di una casa di strada S.Barnaba, l’attuale via Garibaldi, dove oggi si trova la chiesa: il culto per questa immagine fece sorgere un oratorio e poco dopo una congregazione di laici ed eccelsiastici preposta alla gestione della piccola chiesa. Solo alla fine del Quattrocento apparì , sul muro dell’oratorio, l’immagine di una Madonna che allatta il Bambino e che tuttora è conservata sull’altare della Steccata: la Congregazione prese il nome della Madonna Annunciata. L’apparizione  provocò un rigurgito di culto affollatissimo, al punto che per proteggere l’affresco e disciplinare la folla sarebbe stato eretto uno steccato da cui prenderanno il nome il dipinto stesso e la chiesa che, dopo pochi anni, all’inizio degli anni Venti del XVI secolo, la congregazione pensò di erigere per dare ospitalità più sontuosa alla Madonna miracolosa.
La costruzione dell’attuale chiesa si colloca fra 1521 e 1527, e il progetto fu affidato dapprima all’architetto Bernardino Zaccagni da Torrechiara e, dopo a Francesco Ferrari d’Agrate, uno scultore e architetto a cui spetta probabilmente la parte superiore dell’edificio e le lesene con i capitelli fogliati esterni. Non è chiaro comunque quanto, cosa e a chi spetti la paternità dettagliata del progetto e della struttura della chiesa, né quale fu il ruolo delle commissioni consultive formate tra gli altri da Correggio e Araldi, che parteciparono ai piani di progettazione. Sicuramente è da attribuire ad Antonio da Sangallo il Giovane il progetto della cupola, in stile romano, compiuta nel 1526-27.
L’impianto è a croce greca, con i bracci posti sugli assi cardinali e chiusi da nicchioni absidati. Fra i bracci furono eretti fin da subito quattro grossi parallelepipedi ("cappelle"), tuttora usati per il culto, che rendono la pianta assai simile a tante costruzioni a pianta centrale che in quel momento andavano di moda in Italia sull’onda delle idee di Bramante e Raffaello. L’interno fu affrescato secondo un piano iconografico mariano preciso e tuttora di non facile né dettagliata decifrazione. Spiccano, oltre al sottarco orientale dipinto da Parmigianino, la cupola con l’Assunzione di Maria dipinta da Barnardino Gatti (1560); le dodici scene dal Vecchio Testamento tra gli Apostoli del tamburo e il fregio sotto la cornice (del Gatti e di Lattanzio Gambara); i catini dei nicchioni sud con l'Adorazione dei Pastori" e nord con la Pentecoste dipinti fra 1547 e 1555 da Girolamo Mazzola Bedoli; il catino del nicchione ovest con l'Adorazione dei Magi di Michelangelo Anselmi, ma terminato alla sua morte dal Gatti (1556); il catino del nicchione est, progettato prima da Parmigianino e poi compiuto da Michelangelo Anselmi su disegno di Giulio Romano (1541); i chiaroscuri dei pilastri realizzati da Mercurio Baiardi (1568), Antonio Seghizzi, Giovanni Maria Conti delle Camere, Angelo Omobono Guazzi, Antonio Bonviso (tutti fra 1668 e 1670). Anche la balaustra esterna sull’attico e le statue esterne furono posizionate, secondo un gusto proveniente ancora una volta da Roma, alla fine degli anni Sessanta del Seicento.In questi anni fu realizzato uno dei capolavori di ebanisteria della chiesa, la Sacrestia Nobile (accesso dal corridoio della cappella nord): su disegno di Carlo Rottini e Rinaldo Torri e intaglio di Giovanni Battista Mascheroni, presero forma gli armadi decorati con mascheroni, figure femminili, angeli e vasi che contengono tuttora gli arredi sacri storici della chiesa.
Nel 1718, Clemente XI sottrasse la chiesa della Steccata alla Congregazione che l'aveva fondata, per donarla al duca di Parma e Piacenza Francesco Farnese, che ne fece chiesa conventuale dell’Ordine Costantiniano di San Giorgio, un ordine cavalleresco di sedicente provenienza bizantina acquisito per farne l’ordine equestre della famiglia ducale di Parma.
L’organo in presbiterio fu costruito nel 1572 da Benedetto Antegnati, ampliato nel 1592 da Costanzo Antegnati, ulteriormente ampliato a metà Settecento ed elettrificato nel 1970 dalla ditta Tamburini.
All’ingresso della chiesa si trova il Monumento funerario ad Adam von Neipperg, marito morganatico della duchessa Maria Luigia d’Austria e primo ministro del Ducato, proveniente dall’ex cappella ducale di San Ludovico, e una Pietà in onore di Maria Luigia, entrambi in marmo bianco.
Nella cripta della chiesa, visitabile, riposano dal 1823 le salme di quattordici principi e duchi farnesiano-borbonici, ivi compresi Alessandro Farnese, Ranuccio I e II Farnese, Francesco Farnese, Filippo di Borbone.