Sulla piazzetta San Nicolò, uno tra i luoghi più suggestivi di Padova medioevale, racchiusa tra i palazzi Meschini e il seicentesco Palazzo Brunelli-Bonetti, sorge la Chiesa romanica di San Nicolò.
Un tempo collegata con il complesso della Reggia Carrarese, la Chiesa di San Nicolò fu fondata nel 1088, ma nel 1973, durante alcuni lavori di restauro, è stata rivelata la presenza di fondamenta di periodo molto anteriore.
Dal 1178, anno in cui fu annoverata come una delle Parrocchie della città, è noto che vi fosse un cimitero in corrispondenza dell'attuale sagrato e che molte famiglie nobili padovane furono sepolte all'interno della chiesa.
L'impianto attuale della chiesa risale però al XVI secolo. A seguito di successivi rifacimenti e restauri la chiesa fu sopraelevata e ampliata, con l'aggiunta di una quarta navata sul lato meridionale della chiesa.