La costruzione di una chiesa in muratura dedicata ai santi Filippo e Giacomo da parte dei frati Eremitani Agostiniani si data nel 1276, ma già nel 1218 esisteva un tempio coperto di tavole dedicato a questi due santi. La fusione di diversi ordini di Eremiti nella Congregazione degli Eremitani di Sant'Agostino, approvata con bolla papale il 9 aprile 1256, favorì l'ascesa di tale Ordine, che già tra il 1242 e il 1245 aveva fondato all'Arena il Monastero di Santa Maria della Carità. Il ruolo culturale svolto dall'Ordine e i rapporti con l'Università resero gli Agostiniani meritevoli di sostegno anche economico da parte del comune. L'attuale edificio, eretto nel 1276, conservò un tetto in paglia fino al 1306, quando l'architetto enzegnere fra' Giovanni degli Eremitani lo dotò di un tetto a carena di nave rovesciata. Per costruirlo usò il legname avanzato dalla costruzione della volta di Palazzo della Ragione. Verso gli anni Venti del Trecento fu realizzato il primo ciclo di affreschi (perduti) con Gerarchie angeliche nella cappella Dotto, poi affrescata da Altichiero, a fianco della Cappella Maggiore. Qui invece intervenne negli anni Sessanta Guariento con una decorazione su tre fasce illustranti la vita dei Santi Filippo, Giacomo e Agostino. La stessa impostazione rispettò Andrea Mantegna nel decorare la cappella Ovetari. Lacerti di affreschi con le Virtù e le Arti liberali dipinte da Giusto de' Menabuoi nella cappella Cortellieri rimandano ai tempi d'oro di questa chiesa, centro vitale e culturale della Padova Carrarese, gravemente danneggiata dal bombardamento del 1944.