Considerata una delle più belle case romaniche di Padova, il cosiddetto Palazzo della Dogana è stato pienamente recuperato da un accurato restauro. Costruita nel 1294 presso la medievale porta di San Giovanni delle Navi, sotto il podestà Nicolo Morosini, la Casa della Dogana ricopriva l'importante funzione di controllo del traffico proveniente da Monselice.
L'edificio, che rientra nella tipologia duecentesca delle case porticate, è attribuito all'architetto Leonardo Zise Bocaleca da Monselice, attivo all'epoca anche per il Comune e per la Basilica Antoniana, che si ispirò, nell'alto portico, alla struttura duecentesca del Palazzo della Ragione. Nel corso del restauro del 1611, documentato dalla data iscritta su una finestra, il mezzanino originario con solai lignei fu sostituito da una struttura in laterizi sorretta da un portico con archi ribassati.
Tra le monofore del primo piano spicca una elegante bifora chiusa da un arco di scarico e decorata con un traforo a piccole losanghe sulla ghiera. Il motivo, derivato dalla Tomba di Antenore, anch'essa opera del Bocaleca, è presente in vari edifici privati della seconda meta del Duecento. La facciata verso Riviera San Benedetto è arricchita dallo stemma del Comune di Padova e da quello del podestà Morosini.