La chiesa di San Giovanni a Carbonara è una chiesa monumentale di Napoli, ubicata nell'omonima strada del centro storico.
Seppur di epoca trecentesca, si tratta di una delle chiese dal gusto decorativo rinascimentale più interessanti della città.

La costruzione della chiesa ebbe inizio nel 1339, grazie alle donazioni del patrizio napoletano Gualtiero Galeota, sul luogo dove sorgeva un piccolo convento di agostiniani destinato in epoca medievale allo scarico dei rifiuti inceneriti, che tramite lo scorrimento dei fiumi confluivano in mare.
L'ampliamento che, all'inizio del Quattrocento, fu voluto da re Ladislao, che qui desiderava essere sepolto, portò alla costruzione di un nuovo chiostro a fianco di quello preesistente e la chiesa fu abbellita con marmi pregiati. I lavori continuarono anche con la sorella Giovanna, che per il fratello appunto fece erigere il monumento funebre sull'abside.
La cappella alle spalle dell'abside fu voluta da Sergianni Caracciolo nel 1427, amante della regina Giovanna e che qui è sepolto.
Nel Settecento Ferdinando Sanfelice eliminò il problema dell'accesso al complesso di san Giovanni a Carbonara, che fino ad allora comprendeva la chiesa, la cappella Seripando e la cappella di Santa Monica, creando uno scalone monumentale che eliminasse il dislivello con la strada e che potesse permettere quindi di raggiungere dallo stesso punto d'ingresso tutti e tre i luoghi preesistenti, includendo oltre a questi anche la chiesa della Consolazione, voluta sempre dai padri agostiniani e sempre dal Sanfelice progettata.
Restaurata nel 1856, la chiesa fu severamente danneggiata durante i bombardamenti del 1943, a cui seguirono ulteriori lavori.
La chiesa è di fatto frutto di una sovrapposizione di più strutture; all'originaria chiesa di San Giovanni a Carbonara, a cui è pressoché coetanea la cappella di Santa Monica, entrambe collocabili cronologicamente alla prima metà del Trecento, si aggiungono la cinquecentesca cappella Seripando e la chiesa della Consolazione a Carbonara, databile intorno al Settecento.
L'ingresso all'intero complesso è caratterizzato da una scenografica scala in piperno a doppia rampa realizzata da Ferdinando Sanfelice nel 1707 circa.
L'accesso alla chiesa di San Giovanni tuttavia è laterale, sul fianco destro della navata, e non sulla facciata esterna principale visibile dalla strada che costituisce, invece, l'accesso alla cappella di Santa Monica, di fatto in linea d'aria al lato destro dell'abside della chiesa. Superato lo scalone sanfeliciano, alcuni gradini sulla sinistra portano ad un cortile esterno su cui si affaccia la parete laterale destra della chiesa, semplice nelle forme, con un bel portale gotico decorato con due pilastri ornati ed una lunetta affrescata dal pittore lombardo Leonardo da Besozzo. Nei pressi dell'arco si trovano otto stemmi angioini e la figura del sole splendente, simbolo della famiglia nobiliare Caracciolo del Sole, mentre a sinistra, staccata dal corpo della chiesa e quindi con ingresso autonomo, è la cappella Seripando, già del Crocifisso. Fondata dal cardinale Geronimo Seripando, la cappella è caratterizzata dal monumento sepolcrale del fondatore Seripando che fu inoltre arcivescovo di Salerno; un tempo era presente nella cappella anche la tavola della Crocefissione del Vasari, poi spostata nella abside della chiesa stessa.
La cappella di Santa Monica possiede un pregevole portale quattrocentesco di tipico gusto rinascimentale, probabilmente di un allievo di Andrea Ciccione, ed al suo interno è custodito lo splendido sepolcro di Ruggero Sanseverino, dello stesso Ciccione.
Oltre ai due corpi staccati di cui sopra (cappella Seripando e cappella di Santa Monica) la chiesa ingloba anche quella della Consolazione a Carbonara che si sviluppa sul livello sottostante, il cui accesso è immediatamente prima di intraprendere la scala a doppia rampa del Sanfelice; la chiesa risale al Settecento ed è anch'essa opera di un progetto del Sanfelice, al suo interno sono ospitate opere pressoché già in San Giovanni a Carbonara.
Il complesso, infine, è contiguo strutturalmente a quello della chiesa della Pietatella a Carbonara.
La chiesa presenta sculture e pitture di gusto prevalentemente gotico e rinascimentale, l'interno è a croce latina con un'unica navata rettangolare con sei cappelle aggiunte in tempi posteriori: quattro nella navata, una nella controfacciata e due nella zona absidale. Il soffitto è a capriate e l'abside è coperta a crociera.
Nella zona absidale domina il monumento funebre a re Ladislao, di Andrea da Firenze. Dinanzi al monumento è l'altare maggiore con balaustra del 1746 ed una pavimentazione a marmi policromi, posto tra due finestroni a linea tipicamente gotica; la statua della Madonna delle Grazie su di esso è di Michelangelo Naccherino eseguita nel 1578. Sulla parete a destra dell'altare una Crocefissione eseguita nel 1545 del Vasari già nella cappella Seripando. Sulla zona absidale si aprono inoltre due grandi cappelle rinascimentali dei Caracciolo: a sinistra del'altare la cappella Caracciolo di Vico mentre alle spalle, accessibile passando sotto il monumento a re Ladislao, la cappella Caracciolo del Sole. La prima ospita i sepolcri della famiglia Caracciolo di Vico e fu eseguita agli inizi del Cinquecento ad opera di diverse mani del rinascimento napoletano, vi lavorarono praticamente tutti i più noti scultori marmorei di quel periodo, Giovanni da Nola, Girolamo Santacroce, Giovanni Domenico D'Auria, Annibale Caccavello e Girolamo D'Auria, e di quello spagnolo, come Diego De Siloe e Bartolomé Ordoñez. La seconda invece, di gusto più toscano, possiede importanti affreschi del Perinetto, Antonio da Fabriano e Leonardo da Besozzo, e custodisce il monumentale, forse incompiuto, sepolcro di Sergianni Caracciolo.
La controfacciata vede a destra una Madonna col Bambino datata 1601 ancora del Naccherino, sopra la quale è un altorilievo del Padre eterno di Tommaso Malvito, a sinistra invece l'altare marmoreo con bassorilievi sulla Purificazione di Annibale Caccavello eseguito intorno alla metà del XVI secolo; al centro tra i due monumenti infine, il portale in marmo da cui si accede alla cappella Somma. Questo ambiente fu eretto tra il 1557 ed il 1566 su disegno di Giovanni Domenico D'Auria e del Caccavello che per il quale eseguirono inoltre, rispettivamente, il primo, l'altare e la parte inferiore del rilievo dell'Assunta, il secondo invece, la parte superiore del suddetto rilievo e il sepolcro di Scipione di Somma di fronte all'ingresso. La cappella, tra le meglio conservate nella chiesa, ospita sulla volta e sulle pareti un ciclo di affreschi della seconda metà del Cinquecento di ignoto autore napoletano sulla Passione di Cristo e Profeti.
Il resto della navata, partendo dalla controfacciata, vede a sinistra, lungo la parete di fronte all'ingresso della chiesa, il sepolcro di Antonio Miroballo, opera di Lorenzo Vaccaro con frammenti di affreschi quattrocenteschi di ignoto autore che raffigurano la Vita di San Nicola da Tolentino. Il sepolcro è legato alla cappella che immediatamente lo segue, quella Miroballo, dedicata a san Giovanni Battista, la cui complessa decorazione è stata attribuita a vari artisti lombardi come Tommaso e Giovan Tommaso Malvito o Jacopo della Pila; la cappella è dunque caratterizzata da fregi tipici della scuola lombarda e da numerose statue, tra le quali spiccano alcuni Dottori della Chiesa, una Madonna col Bambino e quella dedicata al fondatore stesso della cappella, Troiano Miroballo con la moglie presentati dai due santi Giovanni. Segue lungo la parete un altare marmoreo decorato con una Madonna del Rosario di Decio Tramontano, a cui segue a sua volta la cappella Recco, che ospita il presepe quattrocentesco del complesso commissionato nel 1478 da Jaconello Pipe, aromatario del duca di Calabria, a Pietro e Giovanni Alamanno; quarantacinque figure pastorali di questo presepe sono poi state trasferite al museo nazionale di San Martino. Subito dopo, un corridoio porta alla sacrestia, per la quale furono composte nel 1546 sedici tavole dal Vasari con la collaborazione di Cristoforo Gherardi, poi confluite al museo nazionale di Capodimonte.
Sulla parete destra si sviluppano tre cappelle e due altari alla parete. Subito a sinistra dell'ingresso in chiesa, è una tavola quattrocentesca dell'Annunciazione di Giovanni da Gaeta mentre a destra l'altare marmoreo dei Recco, a cui lavorò probabilmente anche Tommaso Malvito, che precede a sua volta la cappella Argento, in cui è ospitato il monumento funebre a Gaetano Argento del 1730, opera di Francesco Pagano su progetto di Ferdinando Sanfelice.